按照这个计划，方腊起义的人数规模很快就扩大到了几十万，连续攻下杭州、歙州等六州五十二县。包括现在浙江省全境，以及安徽、江苏南部、江西东北部等广大地区都被起义军占领。一时间，东南震动。起义迅速被镇压应该说，方腊起义的计划还是可行的。可方腊他低估了宋军的反应时间。就在方腊割据浙江，还没能按计划完全占领长江南岸，与北宋隔江对峙之前，宋朝的中央军就已经出动了。
宣和三年（1121）正月，宋徽宗调集京畿禁军和陕西六路蕃汉兵共十五万，南下镇压方腊起义。宋军由童贯、谭稹统帅，十五万大军分兵两路，向江南进军。到了二月，宋军就收复了杭州。三月初，义军反攻杭州失利宋军杨可世、刘镇、王禀等部又分别攻陷歙州、睦州。进入四月，起义军驻守的衢州又失守，守将郑魔王被俘。当月十七日，重镇婺州再失陷。
至此为止，起义军所占据的所有大城市全部被官军收复。四月十九日，王禀部攻陷青溪县。最后，方腊带领义军退守帮源峒。四月二十四日，宋军发动总攻。方腊等三十多人被俘，解往汴京。此后，义军残部仍在坚持斗争，但也是屡战屡败。到了宣和四年三月，起义完全被宋军镇压下去。整个方腊起义历时一年零五个月，但以方腊被俘来算，只有短短六个月。
起义失败的原因方腊起义的前期异常迅猛，可谓是一顿操作操作猛如虎。后期当宋军主力到了江南，就迅速败亡。这前后反差巨大的原因，可以归纳为三点。第一、北宋在江南的官军太弱。北宋自宋太宗灭北汉统一全国后，内地由于没有战争威胁，军队就很少进行军事训练了。尤其是南方地区军事训练情况实在不容乐观。除了南方士兵训练不足外，宋朝在南方的兵力也很少。
就拿方腊起义的两浙地区来说，整个两浙禁军的兵力只有二万多人。并且，就这么点人马。北宋朝廷还怕武将会造反，对江南的驻军进行打压。截止到方腊起义之前，朝廷把杭州驻军一分为五，交给五个指挥使指挥。后来又把五个指挥裁成三个，裁掉将近一千人。因此方腊起义后，杭州当地的驻军也就六千人。这么点人，而且还都是战斗力不强的兵。
这哪里是几十万起义军的对手？士兵没战斗力、人数还不足，这也就不难理解方腊之前的势如破竹了。其实别说方腊了，因为南方兵力过于空虚，宋神宗时期，越南人都曾经打进两广。仅在南宁一地，越南人就屠杀了50000多名北宋老百姓。第二，方腊起义军的实力不强。再说说方腊军。方腊军的兵源多是不堪压迫和裹挟过来的平民。因为，方腊起义军的军事素质并不高。
起义军虽然最多时发展到几十万之众。但是要注意，史料记载中的“众有几十万”，不代表方腊义军有几十万兵。方腊义军的真正兵力应该也就十几万人。与童贯率领的十五万北宋正规军的兵力应该差不多。并且，北宋强干弱枝，中央强，地方弱。这就导致了北宋在江南缺少兵器工匠，像什么兵器和甲胄之类的，南方基本没有（甲胄历来就被严管）。
于是，方腊起义军虽然兵力不算少。但是常见的武器却并不多，义军使用的武器大多为大家熟悉的朴刀、拉力弱的弓，以及梭镖等非制式军械。这种武器和兵员素质上的巨大差距，使得方腊义军的实力非常的弱，很难扛得住北宋中央军的猛攻。第三，北宋中央军的实力比较强。实事求是的说，北宋官军的实力并不差，尤其是西北军。宋军真正差劲的是将领水平和指挥系统。
也就是说，如果放开了限制，让宋军去虐菜，北宋的精锐虐方腊义军的能力还是有多余的。宋军在平定方腊起义的过程中五战五捷，这就是双方实力差距的真实体现。方腊的最后下场关于方腊的下场，其实很简单：起义被宋军镇压后，方腊被押送至汴京处死。但是关于是谁抓了方腊，这就很有意思了。在《水浒传》原本小说中，是花和尚鲁智深擒住了方腊。
具体的小说原文如下：却说方腊从帮源洞山顶落路而走，忙忙似丧家之狗，急急如漏网之鱼，便望深山旷野，透岭穿林，脱了赭黄袍，丢去金花幞头，脱下朝靴，穿上草履麻鞋，爬山奔走，要逃性命，连夜退过五座山头，走到一处山凹边。见一个草庵，嵌在山凹里。方腊肚中饥饿，却待正要去茅庵内寻讨些饭吃。只见松树背后，转出一个胖大和尚来，一禅杖打翻，便取条绳索绑了。
那和尚不是别人，是花和尚鲁智深。拿了方腊，带到草庵中，取了些饭吃，正解出山来。却好迎着搜山的军健，一同帮住，擒捉方腊，来见宋先锋。在《水浒传》电视剧中，是武松单臂擒住了方腊。不管是老版水浒电视剧还是新版的水浒电视剧，都是这么演绎的。在真实历史上，应该是韩世忠抓了方腊。相关记载如下：世忠潜行溪谷，问野妇得径，即挺身仗戈直前，渡险数里，捣其穴，格杀数十人，禽腊以出。
