第二阶段的大结局在短篇《沙海》之中，最后的结局以吴邪瓦解汪家，并且二进青铜门接出张起灵结局。第三个小结局，极海听雷，吴邪成功续命。在“它”彻底毁灭和汪家彻底解散以后，本来九门的未来是一片光明了，可是谁也没有预料到的是吴邪病了，病的很严重，寿命只剩下不到一年的时间，对于这个未来的九门扛把子，九门中的人和吴邪身边的朋友，都不想吴邪去死，所以大家纷纷八仙过海，各显神通，想尽了办法要去医治吴邪，可是想法是丰满的，现实是残酷了，大家所有人的办法几乎都不可行，大家只能眼睁睁的看着吴邪的身体一天不如一天。
就在大家都快绝望的时候，突然吴邪的三叔吴三省再次出现了，而且吴三省似乎早就预料到了一切，吴三省跟除了吴邪以外得所有人都做了联系和交流，所有人都按着吴三省给的方向，一步步的走了下去。大家越走越惊讶，因为这个世界上真的有着比老九门这样的专业盗墓组织还要可怕的组织，对于这个组织来说，盗墓可能只是他们业务的一部分，但是大家不难从这简单得一部分里边看出来，这个种族太神秘了，他们竟然有着和雷声沟通的本领，他们的族人可以通过天上的雷声，知道一切自己想要的信息，而吴三省所设计的这一切似乎都是从雷声中得知的。
通过吴三省留下的一些信息最后大家分析出，吴三省在十几年前就已经知道了今天的吴邪会死，而吴三省为了不让吴邪死去，吴三省追着雷声跑了十几年，就为了找到那个包含着能够拯救吴邪的雷声，最后吴三省成功了，他找到了那个能够救吴邪的雷声，他得知了如何能够救自己的大侄子，吴三省在得知医治吴邪的办法的同时，吴三省也得到了自己多年来藏在心底的秘密。
这个秘密就是改良张家长生术，因为截止到目前，张家长生术最成功得两个个体一个是万奴王，另外一个是陈文锦，但是这两个个体都存在着致命的弱点，万奴王没有了人类的体型，只能像野兽一样存在着，并且每过一段时间就必须换一次身体，这种长生不是吴三省要的，而陈文锦虽然醒过来了，也解除了尸蟞丹药的副作用，但是她永远也离不开塔木陀的西王母国了，因为只要她离大陨石远了，她的身体还是会尸化，她只能永远留在西王母国了，这种的长生也不是吴三省要的，吴三省要的长生是既拥有像普通人一样的身体，又能像普通人一样的生活，而不是只能躲在某个地方苟延残喘。
最后的结果是大家按照吴三省的设计，铁三角，黑瞎子，小花带着吴邪成功进了听雷塔，吴邪进了装满了金液的棺材中，神秘的雷声加金液将吴邪的肺部治好了，吴邪能继续像普通人一样生活了，而吴三省也得知了怎样才能去完善张家的长生术，只是这个完善长生术的地方进入容易，想要出来，那就难了，因为这个地方叫做-雷城。第三阶段的大结局以治好了吴邪的肺病，找到了三叔的去向为结局，按照目前这个故事的剧情走向，下一部三叔的故事还是依然会围绕在长生和寻找三叔的方向去发展，具体如何还得听作者分解了。
盗墓笔记中青铜门后的秘密及小说最后的结局是什么？
这个问题我分成两个部分来回答，先来回答简单的这部分：小说最后的结局。这个我就从各个人物的结局这个角度来说吧：铁三角各自分开，过一段属于自己的生活。小哥告别吴邪独自一人去了长白山青铜门，去履行他作为张家人，作为家族最后一任族长使命——守护青铜门后终极的秘密。吴邪陪伴小哥走了一段路程，但送君千里终须一别，小哥在进入青铜门前和吴邪定下了十年之约。
小哥用实际行动告诉吴邪，他愿意用他一生的时间去换吴邪的十年天真无邪。吴邪回到三叔的小楼摘下了面具，终于做回了真正的自己。在最后吴邪调查三叔居住的这边区域的时候，突然收到了一封信，信中说吴家和解家历经几代人对抗“它”，如今终于可以告一段落，因为他们中午熬到那个组织最后一任领导人死亡，从此以后，他领导的那个组织就会烟消云散不复存在。
胖子继续沉浸在云彩死亡的悲痛中，他留在巴乃，用他的方式继续陪伴云彩。裘德考势力阿宁在蛇沼中被野鸡脖子咬死，最后连尸体都被蛇群给搬运走了。裘德考在阿宁死后没多久也离开了这个世界，在临死前紧握着从张家古楼带出来的哪两枚玉环，笑容安详。裘德考死后，他的组织就解散了，吴邪和他们中的一部分人还保持着一定的联系，时常邮件往来讨论一些事情。
