赣州府防守力量由各地援军组成，缺乏协同作战能力，不久后沦陷。满清军攻占赣州后，江西总督万元吉、武英殿大学士杨廷麟等与六千守城将士殉国，满清军屠城。大约有二十万人被屠杀。史称赣州之屠。这场“数百万生灵尽屠”的抗清战争，堪称明末清初江西最大的一次抗清战争，影响甚为深远，赣州府不仅因此获“忠诚府”称号，当地方言也受到了冲击，形成了今日的方言岛。
江西许多地方就自发掀起了抗清斗争。其中比较著名的有永宁王朱由■会合阎罗总义兵收复建昌、抚州；临川（抚州）乡绅揭重熙、傅鼎铨、吉水人王宠、、张自盛、潘永禧、潘自友、洪国玉、杨起龙、魏汝庆、王三岩等人纷纷举兵反清，到1650年（顺治七年，永历四年）已是“连营百里，动曰数十万”。这年八月清南赣总兵胡有升向清廷报告：“如渠逆张自盛、洪国玉、揭重熙、金简臣等结连罗、宋、阎、黄、郭诸逆，拥众十余万，出掠于广昌、新城、南丰一带，以及抚（州）属之宜黄、崇（仁）、乐（安）等处。
石城、宁都虽经恢复，而诸逆尚在，耽耽虎视，此又心腹之患。”揭重熙、曹大镐、张自盛、洪国玉被清政府称之为“四大寇”。清军组织的三省会剿，到处烧杀抢掠，给江西百姓造成了极大的灾难。时人张岱以亲身见闻记载道：“癸巳（1653，顺治十年）八月，余上三衢，入广信，所过州县，一城之中，但茅屋数间，余皆蓬蒿荆棘，见之堕泪。
讯问遗老，具言兵燹之后，反覆再三。江西士大夫，响应金、王，株连殆尽，言之可悯。及至信州，见立砦死守者尚有数十余处，而乡村百姓强半戴发，缙绅先生间有存者，皆隐匿山林，不见当道，文士有知名者不出应试。鼎革已十载，雒邑顽民，犹有故主之思，舍此以往，天下所无也。总之，千古节义，多出江西庐陵、广信。”温睿临也说：金声桓遗党张自盛、洪国玉、曹大镐、李安民“四营既破，所俘献者多有文秀严毅，顾盼伟然，至死不自言姓氏者”。
是顺治六年的《户部残题本》，描绘的是江西的情况，这个题本的上下部分都已残缺，但剩余内容也足够说明问题了。“□□（户部？）尚书臣巴哈纳等谨□□微臣巡历赣南事。……及至万安，抵赣二百余里，沿途之庐舍俱付灰烬，人踪杳绝，第见田园鞠为茂草，郊原尽属丘墟，睹□□也，食不下咽，而况于鸡犬无闻，烟火寂然。□□朝食半餐以充饥，暮结露帏以御寒。
奔驰至赣，查保甲不满千人，稽仓库，并无钱谷，城内数宅茅房，小民难以安居。官虽设而无民可治，地已荒而无力可耕，夫赋从民出，无民而尚何催科之可施乎？”“如至南安府，土地□□（荒芜？）。犹然一赣城也，臣亲履其见，惨目伤心，不禁挥泪。”再看顺治六年七月的《南赣巡抚刘武元奏本》中说的“窃照江西一省惟赣南两府，偪居东南，远在天末，是以昔年征剿官兵与逆贼相持最久，恢复独迟，而各属地方，无一处不惨遭焚戮，流徙逃亡，诚亘古未之有也。
