为了避讳，东晋朝廷把这里改名为寿阳，从此大部分时间内，“寿阳”这个新名字将在史书中频繁出现。 作为东晋和之后南朝各代在淮河流域统治的中心，北方政权想南下，必须不惜代价占领寿阳。反过来，一旦寿阳落入北方政权之手，南方政权也必须不计代价地把寿阳夺回来。在整个南北分裂时期，寿阳经历了十几次大规模的争夺战，其中比较有名的事件是以下四个： 最有名的一战莫过于淝水之战。
这次战役让前秦统一天下之梦落空，北方再次陷入混乱，为后世留下了“风声鹤唳”“草木皆兵”等著名典故。此战就是前秦军队试图攻占寿阳时，在寿阳郊外的淝水遭到了惨败。这次战役后，北朝的政权走马灯似的更迭，直到北魏统一北方，又开始一次次进攻寿阳城，都以失败告终。直到趁着南齐灭亡前夕的混乱局面，北魏才圆了梦：南齐寿阳守将主动投靠北魏，随后北魏挫败了试图收复这里的南齐军，占领了这里。
淝水之战势力图。图源/网络第二个是浮山堰溃坝事件。梁武帝上台后收复寿阳的多次努力都以失败告终。他随后选择在淮河上筑起浮山堰，试图截流淮河倒灌寿阳城。梁武帝前后动用二十万军民，用了一年半时间才造好了浮山堰。结果水攻计划还没实施，浮山堰却被淮河冲垮，寿阳城没淹到下游反而被淹死了十五万人。这次行动虽然失败，不久后北魏却陷入大规模内乱，梁武帝还是得偿所愿，夺回了寿阳。
第三件事便是侯景之乱。北朝降将侯景在进入梁朝境内后，突袭寿阳城，随后在这里招兵买马，开始了他的叛乱之路。侯景以寿阳为最初基地，几年内把江南搅得天翻地覆，彻底改变了南北朝力量的对比。从此，南朝已经不再有单独抗衡北朝的可能性，只是因为北朝本身的东西分裂才得以继续苟延残喘。随着侯景的叛乱失败，寿阳也成为北齐的领地。
第四件事是陈朝回光返照式的北伐。陈朝大将吴明彻利用北齐内部政治动荡的机会北伐，最终从北齐手中再度夺回寿阳为核心的淮南地区。但不久后，北齐被北周灭亡，北方再度统一，而陈朝让吴明彻趁乱从淮南出兵试图控制淮北，大败，被北周军队大举反攻，北周军队最终占领寿阳城，陈军全军覆没，吴明彻被俘。寿阳的这次易手，标志着北朝吞并南朝已经成为历史的必然。
寿阳城见证的四件大事，代表了南北朝势力之间此消彼长的变迁。随着隋朝最终重新统一大江南北，寿春（北朝不用避讳东晋太后了）的好日子也要到头了。 寿县古城门。摄影/江城沧海林子，来源/图虫创意京杭大运河贯通，寿春走向持续衰落隋初，寿春一度是淮南行台尚书省所在地。然而，随着隋炀帝时代京杭大运河贯通，南北水路交通要道瞬间东移，寿春的地位一落千丈，城市规模也越来越小。
到唐朝时，寿春及所在的寿州，在史书中瞬间变得无足轻重。在南北分裂时代的后周攻打南唐和金宋战争两次战事中，寿州仍然是重要战场。寿春在北宋还是淮南西路的中心，升为府，也算区域内比较重要的城市。但此时的寿春只是一个普通的州府，再也没有获得过昔日的重要地位。更倒霉的事情接踵而来。两宋时黄河南岸多次决口，一方面开始把苏鲁豫皖四省交界的富庶之地变成了后世的“黄泛区”，另一方面多次决溢入淮河，史称“黄河夺淮”。
到南北宋之交，为了阻挡金军挖开黄河，“黄河夺淮”的现象大大恶化。从此，黄河横冲直撞，泛滥时也会在淮河流域肆虐，动辄淹没数十州县。直到近代“黄河夺淮”的历史才算告终。但淮河却完全失去了入海的通道，由三江营汇入长江，随长江东流入海。在这样恶劣的环境下，寿春城从战火和洪水中复原重建的速度越来越慢，规模也越来越小。
