拥有1个国家重点实验室，2个国家工程实验室，1个国家工程研究中心，3个国家认可实验室，已建成5个教育部重点实验室，4个教育部工程研究中心，4个北京市重点实验室，建有北京交通大学中国综合交通研究中心和中国产业安全研究中心。近年来，学校承担了包括国家高新技术“863”计划、国家发改委、科技部科技支撑项目、国家自然科学基金及国家社科基金项目在内的各类科研课题4000余项。
2006年以来3项主持项目获国家“973”立项。2008年1项主持项目获国家社科基金重大项目立项。2009年“双主持”项目“复杂与高速条件下车载信号安全控制系统关键技术及应用”获国家科技进步奖二等奖。学校建立了GSM-R技术实验室，主要进行中国铁路新一代移动通信的调度指挥和无线传输等，研究成果应用于大秦线、胶济线与青藏铁路，填补了中国铁路无线通信技术的空白。
“基于通信的列车运行控制系统（CBTC）”取得关键技术研究的突破，具有完全自主知识产权，并成功应用于城轨亦庄和昌平线。2010年科研合同经费达6.2亿。2009年在全国高校SCI排名第58位，EI第38位，ISTP第15位。联合国科教文组织在我校设立了“高等工科教育与产业合作教席”。北京市在我校设立了“北京市城市交通技术转移中心”、“北京交通发展研究基地”及人文社会科学重点研究基地，市委教育工委、市教委依托我校建立了大学生思想政治教育研究的专门机构——首都大学生思想政治教育研究中心。
学校举办一年一度的“中国交通高层论坛”，并已形成独特“品牌”。北京交通大学重视和加强国际、国内合作交流。与美、英、德、法等10多个国家的60多所大学及著名跨国企业建立了合作关系。与澳大利亚维多利亚大学共同开展的中外合作办学项目“中澳商学院”以其鲜明的办学特色，赢得了社会的广泛认可。学校还在比利时鲁汶办有孔子学院，积极传播中国文化；每年主办和承办多次大型国际学术会议，举办一年一度的“国际文化节”，为加强中外学术文化交流提供了良好的平台。
学校充分发挥董事会、校友会、基金会的作用，深化校企合作，与铁路行业、社会企业及地方政府等65家单位签订了战略合作协议，在人才培养、科研合作等领域开展长期、广泛的合作。 “饮水思源，爱国荣校”，如今，有着113年辉煌历史的北京交通大学，肩负着新的历史使命，秉承“知行”校训，以谦虚谨慎、开拓进取的精神，努力实现交通大学百年华诞时江泽民同志题词“继往开来，勇攀高峰，把交通大学建设成世界一流大学”的要求和期望，向着国内一流、国际知名的研究型大学的目标迈进。
发展历史北京交通大学作为交通大学的重要组成部分，历史渊源追溯到1896年，她的前身是清政府创办的北京铁路管理传习所，是中国第一所专门培养管理人才的高等学校,是中国近代铁路管理、电信教育的发祥地。曾培养出中国第一个无线电台创建人刘瀚、中国第一台大马力蒸汽机设计者应尚才，中国第一本铁路运输专著人金士宣，以及中国现代作家、文学评论家、文学史家郑振铎等一大批蜚声中外的杰出人才。
1917年改组为北京铁路管理学校和北京邮电学校，1921年与上海工业专门学校、唐山工业专正在加载北京交通大学门学校合并组建交通大学。1923年，交通大学改组后，北京分校更名为北京交通大学。1950年学校定名北方交通大学，由著名桥梁专家茅以升任校长。2000年4月，与北京电力高等专科学校合并，由铁道部划转教育部直属管理。
2003年，学校恢复使用“北京交通大学”校名。19世纪末，在风云激荡的时代变迁中，北京交通大学的前身——北京铁路管理传习所承载着历史与民族的厚望应运而生。这是中国近代第一所专门培养邮电人才和管理人才的高等学府，开启了中国近代铁路工程、电信工程和管理教育之先河。创校初期清宣统元年，邮传部司员曾鲲化经过十余月的考察后，起草《上邮传部创办铁路管理学堂书》，文中提倡路政、培育铁路管理人才，并极力主张创办铁路管理学校。
同年，经邮传部尚书徐世昌上奏清廷批准，于北京府右街创办了“铁路管理传习所”，此为北京交大创校之始，为中国第一所管理学校。次年，为加强邮电事业增设邮电班，学校更名为“交通传习所”，此为中国电信工程之始。1912年，中华民国成立，学校改隶交通部，更名为“交通部交通传习所”，增设电气工程、有线电、无线电等科，开创了中国培养通信人才的先河，后来又成立了电信系，这里走出了简水生院士、黄宏嘉院士等一大批知名学者。
