清兵撤退后，崇祯皇帝担心辽东战局会恶化，把孙传庭、洪承畴等精兵强将，都调往辽东防范清军再次入侵，李自成正好在山中，得以休养生息，发展壮大起来。总而言之，历史上的李自成有三次遇险，明朝确实有机会消灭他。李自成被曹文诏、左良玉包围，因后金入侵，曹文诏紧急被调往大同抗金，被围农民军才有机会成功突围。后来，李自成又误入陕西省安康市的车箱峡，峡谷为古栈道，山势险峻，易入难出，情势危殆，李自成用顾君恩之计，向明军诈降，才得以脱离死地。
兵败如山倒，人多也无用，闯王李自成是如何一步步被清军打趴的？
李自成攻克北京以后派出居庸关投降的唐通去招降山海关吴三桂、高第，许诺父子封侯，吴三桂便将山海关交给唐通镇守，自己奉命带兵去北京朝见新天子，但路上听闻北京有变，传言说其父亲被索饷等原因，吴三桂怀疑李自成是赚他入京，便反回山海关，将唐通击败。南方此时的局势是，李自成围攻北京时，左良玉便攻打湖北，顺军在湖北有七万军队由白旺率领，无法抵挡左良玉的兵峰，便求援，李自成派遣主力由袁宗第率领去击败左良玉，然后北上河南平定当地的局面，因此左良玉牵制住了李自成的一大部分兵力。
李自成在此时并未对满洲重视，因为皇太极新死，满洲内部权力不稳定，他命令唐通率部接管吴三桂的山海关，并从北京周边抽调兵马去征讨四川，唐通被吴三桂叛乱击败，李自成得知以后便亲自率领军队带着崇祯太子朱慈烺和永定晋秦等王爵还有吴襄去迫降吴三桂，希望不必开战。但吴三桂此时已经向清军借兵，清摄政王多尔衮动员了满蒙汉几乎所有军队前来征讨明朝，半路碰见吴三桂的副将杨坤求援，说借兵之事，李自成的军队此时也在向山海关进发，半路也碰到了吴三桂的使者，谎称愿意投降，请求李自成停止进军，李自成因此放慢速度，开始与吴三桂谈判。
直到李自成军队到达山海关附近才知道高第、吴三桂已经布防备战，便决心全歼吴三桂部，激战一天以后吴三桂阵营面临崩溃，北翼城一支吴三桂部队向顺军投降，吴三桂亲自前往清军中催促参战，清军急行军后加入战场，顺军开始不能支持，李自成便保存实力收兵撤退，在路上杀死吴三桂全家三十四口。回到北京时一开始由过据守想法，并拆毁了城外的一些房屋备战，但最终决定放弃北京，带领文武百官向西进发，清军在蓟县得知顺军离开北京的消息，急忙追击，在河北望都县追到顺军，大顺蕲侯谷英带兵阻击战死，在真定清军再次追上顺军，李自成再次兵败进入山西，清军便作罢。
顺军被击败的消息传开以后，各地士绅纷纷造反，山东乡绅和明朝官僚在山东发起叛乱，连同北直隶的许多城池都宣布背叛李自成，推举出来一个济王。李自成进入山西后继续前往西安，在山西固关留下马崇喜镇守，大同由制将军张天琳镇守，长治由刘忠镇守，太原由刘永福镇守，保德由唐通镇守，临汾由袁宗第镇守，兵力可观但似乎没有统一指挥，向来担任元帅的刘宗敏也返回了西安。
不久后大同姜襄叛变，投靠清朝，唐通也在陕西边界叛乱，并袭击镇守陕北的李过，李过因事发突然而损失惨重，唐通随后投降清朝，与姜襄一同把防御清军的前线山西给搞乱了，李自成大怒将唐通的母亲和儿子杀死。此时南京兵部尚书史可法召集军队北上勤王，但后来传说朱慈烺南逃成功，便作罢在南方等待太子，后来得知太子没有南逃，便准备另立新君，随后陷入内斗没能有什么作为。
北方同时发生了清军剃发令的事情，河北大片城池反对剃发而起义抗清，清军屠杀了一些县，最终宣布暂缓剃发令，山东、河南等地也出现了大群起义军反顺又反清。但总体来说这些地方顺军官员纷纷被杀或者起义宣布支持明朝，或者投降清朝，中立的义军被清军一个一个的驱赶和招降。弘光朝廷此时没能及时对中原起义的乡绅提供支援，导致这些人孤立无援被迫投靠清朝或是兵败被杀。
史可法甚至要求中原乡绅们南渡，准备建成南北朝局面，许多官僚也认为应当放弃北方，这使大量汉人豪杰扼腕叹息，认为如果弘光能够经略北方则山东等地决不可能落入清朝之手，放弃北方的这些说法被称为“捐燕之议”。史可法后来又提出“借虏平寇”，希望放弃北方来换取清军攻打大顺，明朝保住江南乐土即可。此举正中多尔衮下怀，他公开宣布不忘大明者可以去南方共保江左朝廷，清军只要求长江以北的土地。
