就像三峡大坝，过闸差不多要一天。巴拿马运河修建船闸的意义在于利用天然水域，减少工程量。巴拿马运河不是直接连通大西洋和太平洋，而是在巴拿马地峡分水岭的顶端筑坝蓄水，形成加通湖，然后修建水道和船闸，将加通湖的湖水逐层降低，实现通航。如果不建船闸，所有的水都流入海洋，根本无法实现通航。
巴拿马运河为什么不直接挖穿太平洋和大西洋，中间为什么要建船闸？
巴拿马运河建船闸的意义在于利用天然水域，以减少工程量。如果运河全部采用人工开挖的通道，工程量会增加很多倍，但是，可以提高船舶通过速度，现在利用了天然水体，就必须建船闸，而船舶过闸耽误的时间太长。对于长度82km的运河来说，8个小时的航程，应该有一半以上的时间是在过船闸，就像三峡大坝，过闸需要差不多一天时间。
巴拿马运河为什么不与海平面一样高呢？
因为巴拿马运河是靠船闸通航的，下面这张图很直观地展现了运河的结构，这图一目了然，左边是大西洋，中间最高的湖是加通湖，湖面海拔26米。加通湖和大西洋之间有3道船闸，船只在船闸中被提升26米进入加通湖，然后通过1道船闸进入湖面海拔16.5米的米拉弗洛雷斯湖，再经过2道船闸进入太平洋，从大西洋一侧进入太平洋的路程如下：1、从大西洋进入巴伊亚湾，这是一个自然海湾，入口长8.8公里。
2、接下来经过一条长约3.2公里的水道进入船闸，3、连续3道船闸将船只抬升进入海拔26米的加通湖，长1.9千米。4、船只在湖中航行24.5公里，5、查格雷斯河从加通湖流出，长约8.5公里。6、经过12.6公里的库雷布拉峡谷，7、经过长1.4公里的佩德罗米格尔船闸下降到人工湖米拉弗洛雷斯湖。8、在米拉弗洛雷斯湖航行1.7公里，
9、经过两道船闸，长约1.7公里。10、进入巴尔博亚港，可以通过多种方式转运货物（铁路与航线交汇），巴拿马城也在附近，11、从这个港口再航行13.2公里就能进入太平洋（巴拿马湾）。整个巴拿马运河长约80公里，需要约10个小时才能通过，但相比从麦哲伦海峡绕路缩短了近1万公里的航程，所以巴拿马运河没有直接连通大西洋和太平洋，而是在巴拿马地峡分水岭的山顶用大坝拦水形成了加通湖，然后建设水道和船闸把加通湖的湖水一层一层的往下放，以实现通航，如果不造船闸，水都要全部流入大洋，根本无法实现通航。
为什么巴拿马运河东西两侧（大西洋和太平洋）海平面高度相差很大？
其实也没有很大吧？巴拿马运河两侧长期的海平面平均值的确是有差别，但这相对于海洋的广度，这个个差距并不算大，以长期测量取平均数计算，巴拿马运河的太平洋侧的海平面比大西洋侧的海平面高20厘米，一般认为，地球的水平面应该是一致的，假如没有外力作用，海平面应该与大地水准面一致，它相当于地球万有引力的一个等势面，然而实际上，地球的海平面并不是一成不变的，即使较长时间的平均值两者也不相同。
这个长期的、地区性的差异被称为海面地形，其数值可以达±2米，传统上在测量海平面时要考虑到228个月的默冬章和223个月的食周对潮汐的影响（也就是要测量一个完整的地月日运行周期的数据进行平均，这样才能充分考虑到潮汐对海平面的影响）。此外，受洋流、气压变化、温度和盐度的变化的影响，都会导致海平面与大地水准面不等，
去除潮汐因素，巴拿马运河两侧海平面高度数据仍不相同，虽然这个差距不算大——20公分而已，但还是有这个差距存在，产生这个现象的原因可以从洋流、气压、温度、盐度，甚至海岸线地形等多方面进行解释。巴拿马运河东侧是南赤道层流带动海水向北流入墨西哥湾，而运河西侧则是赤道逆流将太平洋海水向巴拿马附近集中，一个把海水带走，一个将海水怼过来，出现高度差是很自然的，
当然，除了洋流可能还有其他原因，但对于不断变化的海平面来说，20厘米真的不是一个夸张的现象。毕竟世界各地的海拔基准都有差异。中国青岛的黄海海拔与印度的恒河河口略有不同，与日本的东京湾也略有不同。就连现阶段的黄海海拔也和民国时期不一样，但这种差别其实不大。毕竟是有分寸的。
