眼部分泌物在第7天变为粘液样至粘液脓性，但在第10天开始消退。急性感染的患猫结膜表现为极度充血、轻度结膜肿胀（但化脓不是猫疱疹病毒感染的显著特征）。结膜病变是因为疱疹病毒感染直接导致的细胞溶解作用。感染后第4天的结膜组织学检查显示弥漫性结膜坏死，上皮细胞内广泛存在核内包涵体，炎症细胞数量最少。感染第8天，结膜坏死严重，并伴有上皮脱落。
此时结膜坏死与大量多形核细胞反应有关，且巨噬细胞较少。在原发性眼部猫疱疹病毒感染期间确实会发生角膜感染，但由于该病毒对猫结膜上皮的明显趋向性，角膜病变远不明显。在感染期间，角膜树突状(树枝状)图形呈双相分布。感染后第3-6天可见大量的微树突，代表了局部的病毒复制，角膜上的树突在第6天消失，在结膜坏死释放新一波感染性病毒颗粒后，第11天开始重新出现。
这些次生树突较大，偶尔会合并，就显得树突的数量比最初出现的少很多。组织学研究表明，与结膜感染相比，角膜感染的特点是病毒复制，细胞病变效应相对较弱，没有炎症细胞反应。猫的角膜感染与轻度和短暂的浅表血管形成有关，眼病体征的消退与上呼吸道体征的消退一致。慢性和继发性感染猫疱疹病毒感染更重要的眼部表现见于成年猫，它们可能在生命早期就从原发性猫疱疹病毒感染中康复。
虽然有可能再感染猫疱疹病毒的可能性，但成年猫眼部感染很可能是潜伏病毒再激活的结果。这种感染被恰当地称为复发。与原发性感染相比，上呼吸道感染症状不存在，眼部表现常为单侧。复发感染的症状可能局限于结膜或包括不同程度的角膜炎。成年猫的猫疱疹病毒结膜炎在严重程度上有很大差异。在许多病例中，仅有轻度结膜充血和间歇性眼部分泌物，而结膜肿胀不常见。
许多猫的内眼睑有干燥的褐色分泌物堆积，但尚不清楚这一发现是否只适用于猫疱疹病毒感染。成年猫感染的临床过程可能是几周到几个月，而且经常复发。假定复发性猫疱疹病毒感染的角膜累及作为几种不同的综合征发生。最简单的形式是结膜炎伴树突状上皮溃疡。长时间存在的树突可能伴随着下层基质的改变，如轻度水肿和浅表血管形成。
然而，通常情况下，猫疱疹病毒角膜感染与其他角膜溃疡病因之间没有明显的临床区别。成年猫疱疹病毒感染的树突状角膜炎被认为是由于病毒在上皮细胞的复制和破坏而发生的，与初次感染时的情况相同。基质角膜炎是猫疱疹病毒角膜感染最不常见的表现。然而，由于它有可能造成威胁猫咪视力的角膜瘢痕，所以它是这种疾病最重要的表现形式。
