经过频繁的近交，人们眼中的优良性状的基因都被纯化，同时也不可避免地将将原本稀少的处于抑制状态的隐性致病基因纯化了，这就成了带有先天性遗传病的纯种犬了。一些引发明显病症的致病基因很容易被淘汰掉，但是，隐性的致病基因相对于整个基因组太多了（已知的犬基因疾病就有500种），其中一些能导致慢性病的基因是无法及时淘汰掉的，还有少数可能与这一品种的某一性状基因连锁，更别想淘汰掉，这就酿成了《纯种狗的悲哀》。
2、多基因平衡的破坏：个体的发育受多个基因共同作用的影响，虽然其中每个基因的作用效应微小。对环境适应较好的野生或杂交动物，由于自然选择的作用有利于保存那些生物适应能力较强的基因组合具有平衡的多基因系统，近交繁殖往往会破坏这个平衡，造成个体发育的不稳定。所以说，对于任何一个物种，并不是越纯就越好越优秀，有利就有弊，物极必反。
不同于狼和原生犬种，纯种狗的发展则走上了一条截然不同的道路，它们的基因由于纯化而变得单一，遗传多样性极低，但却因为受到人类精心饲养和关怀而蓬勃发展，从某种意义上来说，它们不再有独立性，而纯粹已成为了人类的附属物。纪录片《纯种狗的悲哀》提到培育出纯种狗的过程中90%的基因都丢失了，包括很多于人于狗都有利的基因，如耐粗饲基因、抗逆性基因、免疫力相关基因等，而一旦失去，很难再现。
动物为什么不存在近亲繁殖的问题？
动物也是存在近亲繁殖的问题的。你所提到的猫狗之类的宠物，所提及的血统纯正，首先也是在有比较大的种群情况下的繁殖，这样的繁殖保证了血统的同时又不会让繁殖双发的亲缘关系太近，所以并没有太过于明显的近亲问题，但是即便如此，其实纯种的猫狗还是有着非常严重的缺陷的。每个狗的品种别选育出来都是经过严格的特化的，所以即便拥有比较大的种群，但是依然会有亲缘关系比较近的情况出现，比如，那些农村的土狗或者流浪狗，小狗出生之后，除了喝奶，有什么吃什么，残羹剩饭有口吃的就是不错的了，但是纯种的狗，除了宠物食品，几乎不能吃人和其他东西，吃了就很可能生病危及生命，这也是在近交关系中出现的缺陷，只不过并不表现在智力或者长相方面，同时又在优越的人工饲养条件下弥补了生理上的缺陷。
当然也有长相方面就已经显而易见的，比如白虎，我看也有别的回答中提到了白虎，确实，这是个典型的案例，因为全世界动物园中展示的所有白虎的基因都是来自于那几个个基因突变的白体色个体，所以所有白虎都是种群很小的近亲繁殖的结果，所以，现在看来，每一只白虎都长得相当难看，并且它们的生存能力肯定比起野生白虎差了很多。
