1913年北洋军阀势力始向长江流域伸延，袁世凯派段祺瑞兼代湖北都督；令王占元率第二师进驻湖北，兼任湖北军务帮办。王占元提升孙传芳为该师步兵第六团团长。此时孙传芳与师参谋长何佩溶成为王占元之左右手。1915年王占元代湖北将军，当以何佩路为参谋长，孙传芳因何常驻北京联络，王占元乃派孙传芳代行其职。1916年，王占元任湖北督军，调任孙传芳为第三旅旅长，不久，升为第二十一混成旅旅长；1917年，又升任湖北暂编第一师师长。
在王占元的提携下，孙传芳得展才干，颇受王的信任，倚若智囊，时常充当湖北代表对外接洽公务，有时甚至代表督军检阅师旅，在湖北大有一手遮天之势。 1920年夏，湘军袭鄂，王占元命孙传芳率兵迎战，湘军败退，旋孙传芳接任第二师。同年7月，直皖战争起，皖军战败，王占元秉承直系首领曹锟意旨，将皖系之长江上游总司令吴光新扣押武昌，以孙传芳代替，并由孙传芳改编皖系残余部队。
1921年，湘鄂战争又起，湖南赵恒惕、夏斗寅发兵攻袭鄂南，王占元任命孙传芳为新嘉蒲通警备司令，率第二师应战，总司令部设赵李桥车站。孙传芳派孟昭月及张允朋两旅在得胜山、铁山咀、官山口一带与湘军对抗，大战10昼夜，受挫，退而集结于武穴（广济）休整。湖北督军王占元虽系北洋旧人，但曹锟、吴佩孚见王庸懦无能，克扣自私，早有更换之意；此次抵御湘军作战不利，加以当时财政窘困，饷不以时发，在武穴、宜昌、沙市、武昌 等地先后激起兵变多起，于是便决计迫王下台。
在湘鄂战争初起时，曹、吴即发兵援鄂，由吴佩孚亲任援鄂总司令，派萧耀南率二十五师开赴武汉三镇，第八混成旅旅长靳云鹗为前敌总司令，率部进驻茶庵岭。曹、吴名为援鄂，实为驱王，曾有“援鄂不援王”之语。援鄂大军开往前线，靳云鄂部向湘军猛攻，吴佩孚又亲自率兵乘兵轮直捣岳阳，湘军被水陆夹击，败退长沙，被迫与吴佩孚议和。
人物事迹由鄂援闽1922年4月直奉战争爆发，奉军战败，直系势力日盛。曹、吴既置齐燮元于江苏，又置萧耀南于湖北，惟福建、浙江仍在皖系手中，势在必取，于是有援闽之议。 直皖战争后，福建督军李厚基试图依附直系，后徐树铮从北京逃来福州，策动第二十四混成旅旅长王永泉驱李，以帮办代行职务。1922年秋，曹锟召孙传芳至京，命其发兵援闽，由江西蔡成勋为之后援，并偕同驻赣第十二师周荫人一同前往。
孙传芳受命后，赴洛阳见吴佩孚，吴面允由湖北萧耀南接济开拔军饷，由汉阳兵工厂补充枪支弹药。为此孙传芳又来武昌，从财政厅领到军饷30万元，从汉阳兵工厂领到约值7万元的弹药。1923年初，一切布置就绪，孙传芳即由宜昌赴南昌，约定周荫人并邀请督署参谋长刘宗纪一道入闽。复由九江秘密赴南京，与江苏督军齐燮元达成在适当时机夹攻浙江卢永祥的协议。
