禁之便。 (《史记·秦始皇本纪》)在廷议中，丞相李斯站了出来。他认为，看问题不能崇古薄今，封建制是三代旧事，既不值得提倡，更容易混淆视听，让那些不懂事的小民跟着起哄，惑乱太平。李斯迅速转移了话题，从封建与郡县之争变成了私学之弊，给私学扣上了“各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤”的帽子，说他们在朝廷上口是心非，出了朝廷就在街头巷尾议论时政，凭借批评皇帝的得失来提高自己的名气，凭借标新立异的言论，借以表现自己的学识高深， 他们的手下更是生出了许多诽谤之言。
现在，秦朝已经建立了统一的国家，就不应该再允许私学流行，破坏安定的局面。对于这些“恶行”，李斯还提出了具体的应对办法：臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。
(《史记·秦始皇本纪》)李斯的这个“焚书”的建议，让秦始皇背上了永远无法洗刷的千古罪名。这条“焚书令”可以分解为以下几条：一是史书被禁毁得最厉害。除了秦史，六国史书几乎没有幸免的；二是儒家《诗》《书》及诸子之书，在民间的都是禁毁对象，只有博士掌管的书可以留存：三是医药、卜筮、种树等实用书籍不在禁毁之列；四是不执行“焚书令”的，要被罚做修城墙的苦役，谈论《诗》《书》要被砍头，道古讽今的要被灭族。
由此可见，焚书只是个表象，其背后的深意是以强力镇压言论自由来赢得思想统一。2.方士引起“坑儒”“坑儒”事件发生在“焚书”一年后，也就是始皇三十五年（前214年），起因也不是因为儒生，而是由方士引起的。秦始皇迷信方术，希望能找到仙药，可以长生不老。方士们投其所好，屡次欺骗秦始皇，开始的时候，秦始皇很信任他们，还曾听从他们的建议派人去海上寻找神仙，这时担任秦始皇御医的徐福，就率三千童男童女，被派往东海并到达东瀛（日本）去寻仙找药。
由于世上压根就没有什么长生不老之药，时间一长，方士们恐骗术不灵验，难以自圆其说。他们害怕有一天被揭穿，于是就溜之大吉走为上策。这件事让秦始皇怒火冲天，他有了一种强烈的被人利用、欺骗的感觉。后来他又听说，这些方士在逃跑之前还找好了理由，说他刚愎自用、贪于权势，这种人是不能得到仙药的。这无异于就是火上浇油，秦始皇本来只是生气于方士们的脱逃，现在又继而恨儒生中有诸多知情不举报者，更兼之当时天下儒生对秦始皇前一年的“焚书”之举非议众多，让秦始皇在恼羞成怒的情况下动了杀机。
