袁世凯在慈禧支持下，又委任段祺瑞代为练兵。后来在段祺瑞的操练下，北洋常备军第三镇编练完成，段祺瑞出任该镇第一任统制。之后，袁世凯为了编常备军第四、五镇，便从段祺瑞的常备军第三镇中，抽出了一部分兵力出来组建第四镇，待第四镇也初见规模后，又从第四镇抽了一部分兵力出来组建第五镇。然后又给此二镇添了一部分新兵，于是北洋常备军第四镇和第五镇也正式成军。
有心的朋友可能发现了，截止至目前，北洋常备军的五个镇，都是袁世凯编练的，他用的将领，比如段祺瑞，也都是他向朝廷推荐的。他此时此刻，已经完全控制了清政府在北方的国防力量。所以就在袁世凯筹建常备军五镇的同时，八旗贵胄们便怒了，纷纷向慈禧老太后谏言，说新军都是汉人，这会动摇国本，咱们满人也要练兵！慈禧觉得有道理，便让袁世凯在筹建常备军第五镇时，顺便也把由八旗子弟组成的八旗前锋营、护军营、圆明园内外火器营及锐键营等单位也一起改编，从中挑选八旗年轻力壮者，按照新军训练方法，也训练出一个由八旗子弟组建的新军镇。
袁世凯接任后，不敢怠慢，奏请铁良为京旗练兵翼长，并完全仿照北洋常备军章程，很快练出一镇，番号为“京旗常备军”。之后，满清贵胄觉们得陆军第一镇的番号不能给汉人，就把第一镇番号改为第二镇，第二镇改为第四镇，第四镇改为第六镇，第三镇和第五镇番号不变，由旗人组成的“京旗常备军”就这样变成了第一镇。（这也是为什么常备军一、二镇会改番号的原因）至此，北洋六镇全部编练完成。
这其中的第二镇才是袁世凯在小站练兵时的老班底，战斗力最强。第一镇是八旗镇，战斗力偏弱。北洋六镇编练完成后，八旗贵胄认为八旗子弟的新军数量还是不够，之前八旗与汉军的比例是一比三，也就是二十多万八旗兵，六十多万绿营兵。而现在是一个八旗镇，五个汉军镇，八旗兵比例太低。于是在公元1908年底，清政府又编练出了一个由八旗子弟组成的新军镇，并谓之番号为大清“禁卫军”。
该镇的统制是溥仪的七叔，从法国索米骑兵学校毕业的清朝宗室爱新觉罗·载涛。其实从八旗贵胄火急火燎的组建禁卫军便不难看出，当时的清政府高层已经意识到了袁世凯尾大不掉，难以控制的问题。他们也想同过训练八旗子弟，摆脱对袁世凯的依赖。然而，满清高层的想法是美好的，但现实是残酷的。慈禧当年委托袁世凯练兵，是因为偌大的中国，找不出比袁世凯更懂练兵的将领，几十万八旗子弟中，找不出一个能与袁世凯媲美的将领（别说媲美了，就连袁世凯徒弟水平的八旗子弟都没有），慈禧只能依靠袁世凯。
而七八年时间过去了，八旗子弟依然没有合格的军事人才，没人领兵，所以到最后，无论是禁卫军，还是北洋第一镇，这两支旗人部队都是有兵无将，大头兵虽然都是八旗子弟，但中级军官以上，却全都是汉人。始终无法摆脱袁世凯一系的“魔爪”。而在这种情况下，满清政府想不容忍袁世凯也不行了。武昌起义后，八旗子弟无人能统兵南征，根本办法打仗，最终还是要把袁世凯请出山，才能稳定局面。
PS：禁卫军和第一镇的情况与北洋另外五镇不一样。禁卫军和北洋第一镇是找不到能领兵打仗的将领，并非是士兵避战。而北洋二至六镇则士兵找茬避战，扬言朝廷不请袁世凯出山，他们就不卖命。总的来说，袁世凯对北洋军的控制，有一个循序渐进的过程。最开始的时候，袁世凯的基本盘很小，朝廷并不畏惧他的势力。后来由于庚子国难，其它武卫军都被打垮，朝廷因无人可用，袁世凯便借机组建了五个由汉军组成的新军镇，而他也通过安插各级心腹领兵，成为了清末手握大权的强势人物。
