王广渊在仁宗时代，私自结交于陛下，难道是忠臣吗？应当加以贬斥以劝勉天下。”司马光升任龙图阁直学士。 神宗即皇帝位，提拔司马光为翰林学士，司马光极力辞谢。神宗说：“古代的君子，有的有学问而没有文采，有的有文采而没有学问，只有董仲舒、扬雄二者兼而有之。你有学问有文采，为什么要推辞呢？”司马光回答说“：我不能作四六句。
”神宗说“：四六句像两汉时的制书诏令那样就可以了；况且你能够取得进士高第，却说不能作四六句，为什么呢？”终没有获准辞谢。 御史中丞王陶因议论宰相不押班而罢职，司马光代理御史中丞，司马光说：“王陶由于议论宰相罢职，那么中丞之职不可再为。我愿意等待宰相押班后，然后就任该职。”朝廷准许了他的请求。司马光于是上疏论修心的要旨有三条：叫仁义，叫明智，叫武略；治国的要旨有三条：叫善于用人，叫有功必赏，叫有罪必罚。
司马光的这一主张很完备。司马光又说“：我得以事奉三朝，都是以这六句话呈献，平生历学所得，全部都在这里头了。”御药院的内官近臣，宋朝常常用供奉官以下的人充当，升到内殿崇班职位就出任地方官；近年暗中理顺官阶，这不是祖宗的本意。因而弹劾高居简奸妄邪恶，请求加以远远流放。奏章五次呈上，神宗为了替高居简开脱，全部废除寄资官。
不久再留任二人，司马光又据理力争。张方平任参知政事，司马光认为他不负众望协调，神宗没有同意司马光的意见。司马光还是担任翰林兼侍读学士。 司马光常常担心由于历代史籍浩繁，皇帝不能全部阅览，于是写了《通志》八卷呈献英宗。英宗很高兴，命令在秘阁设置机构，续修这部书。到这时，神宗给此书命名为《资治通鉴》，并亲自给此书写了《序》，让司马光每天进读。
诏令录选颍王府直省官四人为..门祗候，司马光说：“国初草创之时，国运还艰难，所以皇帝登位初期，必须用左右故旧之人作为亲信称作随龙，这不是一般的制度。..门祗候对文臣来说是馆阁职务，怎能让执劳役供使用的人担任呢？” 西戎部将嵬名山打算以横山部众，捉住谅祚来降服，诏令边臣招纳横山部众。司马光上疏极论，认为：“嵬名山部众，未必能够制服谅祚。
即使侥幸取胜，灭掉了一个谅祚，又生出一个谅祚，有什么好处；如果不能取胜，嵬名山一定会带领部众归附于我，不知怎么对待他们。我恐朝廷不单失信于谅祚，又将会失信于嵬名山。如果嵬名山余部还很多，返归北地不能，而进入南方又不被接纳，穷途末路无处可归，必定将会突然占据边城来求活命。陛下难道没有听说侯景叛乱的事例吗？”神宗没有采纳他的意见，派遣将领种谔出兵迎接嵬名山，取得绥州，耗费钱财六十万，西边用兵，大概就从这里开始。
