从那以后，西方式的近代学校随着传教士们的足迹，在中国兴旺起来。1876年，在传教士创办的学校只有六千名学生就读，而到了1889年就增加到了一万七千名。在那时候，国人认为进外国人办的学校读书是非常丢脸的，所以就读这些学校的基本都是生活困苦或被遗弃的流浪儿。但到了十二世纪初时，这些学校已经成为了中上层家庭争相进入的目标。
早在1905年清政府宣布“废科举，兴学堂”前，传教士们已为中国教育累积了丰富的经验。在高等教育方面，传教士们也是中国近代教育的先行者，他们创办了清华大学、燕京大学、圣约翰大学、齐鲁大学、东吴大学、岭南大学、淡江大学等许多中国名校。医疗卫生事业在西方先进的医疗和卫生知识方面，传教士也是功不可没的。从十九世纪开始，他们就在广州上海等通商口建立小型的医院，除了传播法福音，他们也会教授医疗和卫生知识。
传统的中医虽然在慢性疾病上有独到的手段，但在急性病和传染病方便往往素手无策，如祸乱、鼠疫、猩红热、脑膜炎、肺结核等，因为当时的中医对微生物的传播特点几乎没有认知。传教士们会尽可能把生理学和生物学知识及卫生观念传递给中国人，使他们掌握卫生方面的基础知识和卫生学的生活方式。我们从课本中了解到，来自加拿大的诺尔曼.白求恩在抗战中为我国做出伟大的贡献，但很少人知道原来白求恩来华时，就已经有数百计的传教士医生在为中国默默做着奉献。
有的传教士医生跑到十分偏僻的地方建立麻风病院，同麻风病人长期生活在一起，那时的麻风病人就连亲人都不敢接近他们，但这些“上帝的使者”们通过努力打破了人们以往对麻风病的恐惧，竖立了可以麻风病可以治愈的观念。（传教士与麻风病人）中国著名的协和医院、华西医科大学等也是由传教士创办的。在鸦片贸易的初期，人们对吸食鸦片认为是一种无伤大雅的嗜好，而正是这些传教士医生在临床观察中发现了鸦片会伤害人体，导致家庭破碎，并在他们本国信徒的协助下发起了抵制鸦片贸易的运动。
经过长期的抗争，终于迫使英国政府妥协，取缔了鸦片贸易。扶贫救危，帮组弱苦传教士们秉承耶稣“弟兄中自小的一个”的精神帮助弱小群体，他们建立孤儿院、收容弃婴和孤儿。著名的“扬州教案”，因有人恶意制造谣言“传教士收集婴儿，用她们的肢体和器官制药，导致孤儿院差点被关闭。传教士其实出于爱心收容孤儿和弃婴，而那些孤儿和弃婴大多身体虚弱，有的患了不治之症，在当时的医疗条件下死亡率非常高。
一些不明真相的人看到孤儿院经常埋小孩，再出于对外国人的偏见，就以为是在虐杀婴儿。又加上排外情绪严重的士绅和官员的怂恿，便发生了暴力围攻事件，导致戴德生和他太太等人被打伤。抗战期间，河南的一位传教士女医护人员，冒着被日寇强暴的风险，保护躲在医院里数百个难民，其中大多数都是老弱妇孺。美国女传教士穆拉第，在山东传教三十年，她为了帮助灾民，把自己的一生都奉献了出来，导致她长期营养不良，去世的时候体重只有三十七磅。
