通过这套学院制度，四大寺把所有的黄教寺院有效地联系了起来，统一在一个相当集中的领导之下。尽管其他教派有支派之争，黄教内部却没有支派之争。凡是黄教的活佛、高僧、学者无不要到这四大寺来学习，才能确定其宗教和社会地位；同时凡是在四大寺学习并取得地位的僧人，无论到哪个有黄教寺院的地方去，都能受到普遍的尊敬。在这四大寺中，甘丹、哲蚌、色拉三寺都属于达赖喇嘛的系统，组成有名的拉萨三大寺。
在它们之间有一套共同的学院制度，扎什伦布寺属于班禅的系统，它又有一套和三大寺平行的学院制度。这是依据四大寺的隶属关系而言。但如果以它们学制的内容和精神来说，拉萨三大寺和扎什伦布寺之间，只有某些名称和细节上的差别，而没有根本性的不同。甘丹寺建于明永乐七年（1409年），位于拉萨以东40千米处，达孜县境内，拉萨河南岸海拔3800米的旺古尔山和贡巴山的坳至山顶处。
黄教创始人宗喀巴15世纪在藏地推行宗教改革，甘丹寺便是他亲自建立的格鲁派第一座寺院。 甘丹寺，全称直择为喜足尊胜洲，简称甘丹寺。也有学者称其为“具善寺”或“极乐寺”。雍正十一年，（1733年）清世宗御赐寺名“永泰寺”。由此发展起来的喇嘛教派起初就叫做甘丹派，后来音变而成格鲁派，格鲁即是善规之意。甘丹寺的最高主持人称为甘丹赤巴，意为甘丹寺法台。
因为甘丹寺是格鲁派的祖寺，所以甘丹赤巴也是整个格鲁派的主持，地位仅次于达赖和班禅。甘丹寺为全国重点文物保护单位。由50多座建筑组成，主要有大殿、扎仓、康村、米村及佛堂僧舍。寺院主要建筑为措钦大殿，阳巴坚神殿位于措钦大殿西侧，殿内后墙有巨石一块，相传是由印度阳巴坚地方飞来，因此殿名为阳巴坚。这里是甘丹寺的主要护法神殿。
同阳巴坚紧紧相连的是司东康，是宗喀巴及历代甘丹寺法台的灵塔殿。1419年10月25日，宗喀在赤多康圆寂。1420年他的弟子玛仁钦修建了这座灵塔殿，并用900多两白银在殿内修建银塔一座，安置宗喀巴的肉身。后来十三世达赖将银塔包了纯金。以后，每任甘丹寺法台去世后都要在这个殿内修建银塔，到解放前夕，这里陆续修建了95座银塔。
哲蚌寺位于拉萨市西郊10千米处的根培乌孜山上，海拔 3800米，沿山势逐层而建，占地面积约20万平方米。是藏传佛教格鲁派三大寺庙之一，也是藏传佛教最大的寺庙，解放前这里的僧侣数目多达10000人。该寺是格鲁派祖师宗喀巴的徒弟绛央曲杰扎西班丹在大贵族朗嘎桑的资助下，于明代永乐十四年（1416年）动工兴建的，名为“白登哲蚌寺”，后简称“哲蚌寺”。
