逃亡过程中他是狼狈不堪，应该充分体会到了九十多年前宋朝君主想死的心情。（常遇春在这次北伐结束后病死）元顺帝逃亡会昌后，又连忙给盘踞在甘肃的王保保下诏，让他反击。遂即，王保保便制定了一份计划——一份可以围歼西北明军的计划。当时王保保受在仔细观察了形势后，认为兰州是一个绝佳的伏击点，于是他就故意把兰州留给明军，待明军进入兰州后，派人将兰州团团围住，把主力隐藏到关中通往兰州的必经要道上，准备以兰州城为诱饵，消灭前来增援的明军。
他相信自己的判断，因为攻陷兰州对于明朝有很大的意义，明朝一定会派兵来救的，现在他要做的就是等着明军上钩了。而他的判断没有错，很快第一批明军就来了。在得知兰州被围后，明军一支小部队就抵达了兰州郊外，当他们到达兰州附近时，王保保立即下令围攻，很快，明军这支增援部队全军覆没，统帅也战死。有了第一次胜利，王保保更加自信，他决定以同样的招数等待着更多的明军上钩。
很快，第二批明军就来了，不过来的这批明军不是善茬子，因为明军的统领正是王保保的老对手徐达。徐达正面相遇王保保后，既不攻也不退，就在王保保对面安营扎寨，不论王保保如何在阵前挑衅，他都不出战。时间就这么拖啊拖，王保保发现自己上了徐达的圈套了！什么圈套呢？原来，明朝早就看穿了王保保的计划，所以当兰州后，明朝索性就提出了一份眼界更广的作战计划：放弃兰州！王保保不是想在兰州郊外钓鱼吗？那就让他钓去吧。
明军分别从河北和山西出击，继续追击元顺帝。如果王保保去救，那就在他挪营的时候消灭他。事后的发展果然如朱元璋所料，当东线明军连战连捷后，王保保坐不住了，他明白再这样下去，等到东线完蛋了，他在西线也守不住。于是他决定主动出击。然而，徐达怎么可能让他走呢？徐达就是专门过来牵制他的。所以，当王保保准备拔营走人时，明军在徐达带领下，以雷霆万钧之势，全歼元军。
此一战，除了王保保逃了之外，其刚刚组建的十万大军就此又全军覆没。在王保保溃败的同时，李文忠率三万骑兵突袭会昌。由于他的行军速度太快了，比从小就擅长骑射的蒙古人都快，因而当李文忠抵达会昌时，城里的蒙古王公都傻眼了，大部分都没来得及跑，元顺帝的三宫六院全部被明军俘，王公大臣们也全部被抓。（元顺帝在李文忠到达之前病死了）唯一跑掉的是，元顺帝的儿子爱猷识理达腊，他也就是后来的元昭宗。
三、岭北之战明朝第一次北伐结束后，北元内部痛定思痛，王保保主持大局，认为明朝强大，不能硬钢，于是他采取休养生息，等待时机再战的策略，跟明朝接着打。两年后，休养生息的差不多了，一直龟缩的元军遂开始慢慢反扑明朝。一时间，元军四面出击，趁明军后撤，又占领了东自吉林，西至甘肃、的广大地区，他们以这些要塞为根据地，不断向明朝内地进攻，使用的还是最让人讨厌的游击战，敌进我退，敌驻我扰、敌疲我打、敌退我追。
总之就是明军打他，他就跑，明军走了，他又来。在这种情况下，朱元璋与他的将领们开始讨论采取何种方式对付北元。不过，在讨论会上明朝内部出现了分歧：包括徐达在内的大多数人赞成进攻，主张大举进攻，一次性解决北元问题。但同时也有人提出反对，认为不应该轻举妄动。反对的人不多，但是朱元璋这个最终决策者反对。因为他认为，北元还有实力，与其决战还不是时候。
不过他为了顾全大局（赢了两次，如果压制将领们的意见，会影响他的皇帝声望），于是他最终还是同意了徐达等人的要求，拟定了一份进攻计划。根据这份计划，明朝大举出动，东路军由李文忠负责；中路军由徐达、汤和、蓝玉、廖永忠负责；西路军由冯胜、傅友德负责。三路大军各统兵五万，且都是骑兵，总计十五万骑兵。而明军的对手，则是王保保、蛮子、哈剌章、贺宗哲、朵儿只班、锁纳儿加。
从这份对阵名单上可以看出，明朝这边除了早逝的常遇春，以及因平定辰沅而抽不开身的邓愈外，其他能打的基本到齐。北元那边除了梁王在云南过不去，纳哈出不动如山之外，能打的，不能打的，也全部到齐。所以，这是一场明朝最高战力和北元最高战力的PK，堪称是明朝版的顶上之战。战争开始后，徐达的中路军一马当先，一举击败王保保。
