义经大日如来：虽然叫义经大日如来，但似乎跟义经真没啥关系？自然不可能找到什么线索。服部对柯南说，我们去吃个午饭怎么样，然后沿着废弃铁轨，就走到了南禅寺。南禅寺南禅寺的地点略微有点偏远，但却非常值得一去。南禅寺勅使门：勅使门的确是可以让车辆通行的，它的外面就是个停车场，最常见的就是出租车从这个门里经过。
南禅寺山门（三门）：山门旁的小径：鞍马寺西门服部与柯南吃完中饭，这回跑得有点远，跑去了京都北部的鞍马寺。不过这次他们算是找对了地方，鞍马寺是义经年幼时出家的寺庙，在这里，他们第一次正面遭遇凶手，在鞍马寺后山的僧上谷不动堂遭到伏击，并由此展开了一场摩托车追逐战。鞍马寺西门的停车场：话说这是个非常小的私人收费停车场，他们没付停车费就跑了，这样好么......鞍马寺西门路牌：不过由于我们的作者张暗去的时候，整个后山的路都被封了，僧上谷不动堂这个影片中重要的转折点只能错过了。
那里也是传说中义经年幼时遇到天狗鬼一法眼，并跟他学习武艺的地方。下面就直接到柯南追出西门的画面吧：鞍马摩托飙车戏从鞍马寺西门开始，从鞍马寺正门一闪而过，冲进叡山电铁鞍马站，又沿着铁轨追逐了一段，以服部避让电车翻车结束。鞍马寺正门：叡山电铁鞍马终点站站牌：两组人马先后骑着摩托闯入的进站口：先斗町追击凶手未果，服部将柯南送回了山能寺，在寺门口正好遇上了小兰等人，被嘲笑未能解开迷宫地图。
柯南顺口问到毛利小五郎是否解开了谜题，场景就此转入先斗町。一行人来到先斗町寻找毛利小五郎，剧中人物齐集茶屋，上演密室杀人案，影片到这里才进行了三分之一，但感觉已经随服部与柯南在京都兜了好大一个圈。这一段基本都是室内戏，偶尔有一两个鸭川的夜景闪过。梅小路公园先斗町的混乱结束后，大家各回各家，服部骑摩托载着和叶，在路上再次遭遇凶手。
凶手将服部引入了梅小路公园，主动向服部发起挑战。两人的打斗地点：凶手的意图在这出戏中终于被揭露——凶手并不是为了阻止服部调查源氏萤的案子，而是想要得到服部手上的白毫。这也解答了为什么服部一到京都就会被跟踪，因为他在八年前就被盯上了。单挑以和叶用计吓走凶手，服部中毒晕倒结束。随后服部被送进了梅小路病院（sorry这个地点我们不知道在哪里，各位知道的话希望能在评论中告诉我们哈~）。
第二天一早，和叶单独离开梅小路病院返回梅小路公园。她回忆起吓走凶手时，用石头击碎了凶手面具的一角，于是想返回原地寻找碎片，却因此遭凶手绑架。梅小路公园里的亭子：梅小路公园挨着铁路线，而与北面的水族馆又隔了一片巨大的草坪，到了晚上，真的是一个叫天天不应叫地地不灵的地方……夷川路水尾家离开病院后，服部与柯南造访水尾家，请求水尾先生提供服部头一晚遭袭时的不在场证明。
巧的是，西条先生和山能寺的龙圆也都在水尾家，不久千贺铃也到场，称大家是为了讨论谁是杀害樱先生的杀手。所有人都提供不了不在场证明，但问及射箭的问题，水尾说自己在能剧中演过射箭的动作，龙圆也称在寺庙的祭奠中模仿表演过射箭，唯有西条声称自己不会射箭。可当千贺铃入座时，柯南注意到了西条反常的动作，就此基本锁定凶手。
从影片路口的截图来看，水尾家就在夷川通与小川通路口的东北角，图中的围墙就是他家的围墙。而真实的街道上这是一个街角公园，所以水尾家应该是虚构出来的一幢建筑。但路口西北角的这一排建筑出卖了这个地点。千贺铃带着服部与柯南，沿着小川通向南一直走到了御池通的大路口：此处的影片街景稍有点失真，站在小川通的路口，很难还原影片中的场景，但再往西一个路口，走到油小路通，街道南面那一排高楼楼顶的蓄水箱还是非常明显的。
千贺铃与服部柯南就此告别。京都府警察本部千贺铃独自离开后，服部正在跟柯南讨论千贺铃就是他八年前遇到的小女孩，电话响了，打电话的是他父亲的部下大泷叔，镜头切到京都府警察本部的外景：这地方非常好找，就在下立壳通与新町通路口，现实中真正的京都府警察本部。六角堂服部与柯南回到山能寺，遇到了少年侦探队，故事在这里出现一个小插曲，元太走丢了，联系得上却不知道自己在哪。
