在德雷克第一次到达远东20多年后，一艘搭载英国水手的荷兰商船漂流到日本海岸，英国人从此开始介入远东贸易。当英国和荷兰千方百计想要在远东贸易宝藏里分一杯羹的时候，原本应该作为远东国际贸易主导者的明朝政府却在为日渐繁荣的走私贸易烦恼不已。在明朝看来，无视“片板不可下海”的海禁令的不法之徒、倭寇以及凶暴的“佛郎机夷”（明朝对葡萄牙人的称呼）聚集在东南门户宁波附近，是对明朝海防的巨大威胁。
◎ 王直袭扰路线图1547年，以刚正廉洁闻名的官员朱纨上任浙江巡抚。浙江巡抚一职原本就是为了防备倭寇。但浙江沿海负责海防的文武官员早就被走私商们贿赂了个遍，这也说明中期的倭寇显然和百年之前只知道打家劫舍的强盗不同，他们活动的重心是中日之间的走私生意，为此走私商人们还主动向浙江官吏们付出一定报酬。金钱贿赂对朱纨没有效果，因为这位以正直出名的官员原本就是被嘉靖皇帝派来解决拖延许久的浙江倭寇问题的。
为此，皇帝特别敕命朱纨统一掌管浙江和福建两处海防军队和船只，务求将浙江沿海的走私活动彻底粉碎。朱纨上任第二年就部署军队对双屿岛展开进攻，将这个东亚贸易枢纽破坏殆尽，走私集团头目李光头和许栋先后被捕处死。王直等残部和葡萄牙商人则逃往南方，随即开始了对东南海岸的烧杀行动。数年后，葡萄牙官方以约束本国商人的烧杀行为为条件，被许可在澳门租住房屋、建设码头以及和明朝进行合法贸易。
自然，这样的贸易规模非常有限且处在明朝政府的严厉管束下。王直等中日走私商人只能另觅谋生之道，他们在日本的五岛设立根据地，继续在东南沿海大搞走私贸易。明朝政府虽然花大力巩固海防，却始终无法根绝这种走私活动。 ◎ 中日走私贸易处于明朝沿海官员的庇护下 出于无奈，浙江官吏们最后只能采取招抚手段，许诺王直如果能够主动擒拿其他走私商到案，就可以批准中日之间的民间贸易。
王直积极响应浙江官员们的招抚，主动擒杀了几个名气稍逊的走私头目，在讨好浙江官府的同时确立了自己在中日走私贸易上的垄断地位。就这样，在浙江方面的默许下，王直在定海附近的沥港重建了中日民间贸易基地，中日葡民间贸易从不合法走向了半合法，从而规模进一步扩大。◎ 日本长崎县的王直铜像1553年，明朝中央获得情报，王直等走私商人在沥港重新集结，走私活动比过去更加猖獗，于是再次派总兵俞大猷等进攻沥港，将王直驱逐出浙江沿海。
被官府夺去了生计，走投无路的走私商人们联合起来，对明朝东南沿海进行大规模劫掠。入侵的规模远远超过了一般的海盗骚扰，史称“连舰数百，滨海数千里，同时告警”。◎ 电影中的王直形象王直第二次被驱逐以后的几年是明朝倭寇之乱最凶猛的一段时期，沿海走私集团的武装几乎洗劫了浙江全境。这样大规模的暴力行动除了有对捣毁其贸易据点的明朝官府的报复意味，目的还是为了震慑官兵，以便继续其走私事业。
由于倭寇活动愈演愈烈，甚至发生小股倭寇流窜至南京城下，辗转杀伤数千人的恶性事件，明朝政府不得不屡次更换东南海防的负责人，而后来陆续上任的东南海防大员们开始尝试着和日本方面进行接触，并试图劝王直归降明朝。1555年，新上任的总督东南军务胡宗宪派出特使前往日本和王直接触，提出只要王直归降，就开放中日民间通商，王直对此非常高兴，不但一口应承投降之事，还给胡宗宪的特使引见了几个日本海盗出发地的大名，商谈一旦招抚成立，就全面禁止日本人的海盗行动，展开正常的中日通商。
1557年11月，按照约定，王直率领千余亲信来到浙江向胡宗宪投降，但不久之后就遭到明朝政府逮捕，两年后在杭州被斩首。胡宗宪计擒王直后，又用同样手段逮捕并处死了海盗徐海、陈东等，又陆续消灭了浙江的其他海盗。但王直等人的残部仍然在福建和广东沿岸骚扰，后经戚继光、俞大猷等武将的浴血奋战，终于将沿海的倭寇全部肃清。
◎ 为了减少倭寇活动，隆庆皇帝决定有限度解除实行了二百多年的海禁政策 1567年，为了避免沿海居民继续铤而走险下海进行走私活动，明朝终于决定有限度解除实行了二百多年的海禁政策，将福建的月港指定为中国人参与海外贸易的唯一港口。出海贸易的船只限定为110艘次，出航时间，前去贸易的国家和贩运货物的种类，均进行了严格规定。
