明代自明成祖以后，即时有变乱，其中规模最大、旷日持久者是“倭寇”（1523—1564），前后持续四十一年。中国北起辽东，南至闽粤，均受到倭寇骚扰。倭寇是介乎内乱与外患之间的变乱，因为真正的倭人不过十之二三，大多数倭寇为中国人，其中包括地痞流氓、土豪劣绅、富商大贾、官僚地主等各色人等，他们各为自身利害而与倭人勾串，骚扰劫掠沿海各省。
按明廷规定，不入贡者不得贸易。各国利之所在，趋之若鹜，因入贡土产，赏赐丰厚；既可贸易，兼可走私夹带，何乐而不为？这是日本幕府足利义满受明成祖册封为日本国王的原因，其目的在于取得贸易权。明廷允其十年一贡，“使额勿过二百，船止二艘”。此项“贸易权”所获利益，均为贵胄及特权者所独占，一般日本人并不能享有，于是日本人与中国商人合作走私，舟山群岛中的双屿岛遂成为走私的大本营，大约自明初起即是如此。
此时日本内部分裂，诸侯林立，明世宗二年（1523）遂发生“争贡”事件。两批日本贡使在宁波因验货之先后及宴席座次之高低大打出手。其中一位贡使“毁嘉宾馆，劫东库”，并杀明朝将官多人，“浙中大震”。朝廷乃下令禁止倭人通商，从此倭寇兴起，蹂躏海疆，以南直隶、浙江两省受祸最严重。倭寇气焰嚣张之原因有三：一、明代的卫所制的“军户”经一百五十余年之腐蚀已毫无战斗力，所谓“官军素愞怯，所至崩溃”是也。
二、“奸民”太多。奸民包括好乱的平民、不得志的书生，他们均受利诱而为向导，故倭寇尽知官兵虚实。这类人中，以汪直最著名，其“攻城掠邑，莫敢谁何”。三、宦官、权臣弄权。如讨倭寇名将俞大猷讨寇大捷之后，不仅不被叙功，反被谪。倭寇终为俞大猷与戚继光所募之“兵”（有别于卫所之“军”）平定，但四十一年的劳师糜饷，东南沿海富饶之区的破坏，税收锐减，是明廷财政陷入窘境的主因之一。
明朝也算海洋强国，为何倭寇能如此猖獗？
主要是沿海军队的主官们都进行明为*经商*实为*走私*活动，而且同倭寇们有千丝万缕的利益瓜葛。军官们没有精力和心思抓军队的建设和管理，所以军纪涣散，军队长期缺少训练，根本没有战斗力，下面详细的介绍一下。嘉靖帝年间，日本有一批由破产农民、城市失业的流民、失意的武士和破产的商人们组成的海盗集团，经常到中国的沿海地区烧杀抢掠，他们和中国的海盗互相勾结，狼狈为奸，到中国沿海地区很多城市公开杀人抢劫，由于其中日本人居多，所以明朝政府把他们称为*倭寇*。
公元1553年，大批倭寇侵略中国的沿海地区，接连攻打了十几个城市，明朝的统治受到了严重的威胁，在这种情况下，在明朝权臣张居正的举荐下，朝廷把戚继光调到浙江，命令他负责剿灭倭寇。戚继光出身军事世家，从小喜欢学习兵法和武功，少年时就练就了一身好武功，17岁就参加了军队，在军中是屡建战攻。这次倭寇入侵，他发誓一定要铲除倭寇，报效国家。
他到浙江后，通过很长时间的微服私访，发现当地的很多主政的官员和军队里的一些军官，同海盗倭寇们有千丝万缕的利益关系，所以当地的驻军训练废驰，军纪涣散，根本没有战斗力。他决定招募新兵，把原来的军队都解散了，当时浙江沿海地区的老百姓们被倭寇害惨了，都憋了一肚子气，早就想杀倭寇们替亲人们报仇，一听说戚继光在招兵打倭寇，大家都纷纷报名参军，很快这支军队就招募了近5000的新兵。
戚继光严格训练这支新军，平时经常和士兵们交谈，教育他们英勇杀敌，报效国家。戚继光根据江南水乡的特点，创造了一种*鸳鸯阵*的阵法。就是每12个人为一组，前面的人为队长，后面的两个人拿盾牌，两个人拿大竹子（竹子的顶部削的非常尖锐）做的兵器，4个人在盾牌的掩护下拿长枪，后面的拿火筒，最后的是伙夫。这种阵形灵活多变，长短武器相互配合，杀伤力很强，在大军作战中杀伤力很大。
1561年，倭寇大举进攻台州，戚继光率领大军前往台州围剿，那些没有经过正规训练的倭寇被*鸳鸯阵*打得溃不成军，狼奔豕突的逃跑了。有的跑到大船上躲了起来，戚继光又用火炮打击，倭寇们纷纷投降，此战一共消灭倭寇6000多人。这一战打出了明朝军队的军威，倭寇们把戚继光领导的军队叫*戚家军。后来，戚家军在福建仙游又消灭了2000多倭寇，胜下的几千倭寇占据漳浦蔡丕岭，凭借有利地形死守。
