因此免于定罪。鳌拜这才逃过一劫！顺治三年（1646年），鳌拜随靖远大将军、肃亲王豪格攻四川张献忠。鳌拜等因得到叛徒的指点，射死了张献忠。杀数万农民军，破军营寨栅130处。次年（1647年）又与尼堪等攻克贵州遵义、四川夔州（今重庆夔门一带）、内江等处，平定四川，经历大小仗数十阵，功劳极大。顺治五年（1648年）鳌拜随大军回到北京。
多尔衮此时羽毛已丰，排挤济尔哈朗，因为济尔哈朗、鳌拜、索尼、图赖等当年反对自己称帝，豪格更是自己的死敌。多尔衮一一将他们整倒、革职、定罪。这些人死的死、革的革、贬的贬、罚的罚，无一幸免。好在鳌拜军中名声太大，顺治六年（1649年），多尔衮亲征山西反叛，想起了鳌拜，鳌拜作为先锋击败大同叛军头子姜瑰。顺治七年（1650）七月，多尔衮生病，暗示贝子锡翰，请顺治皇帝亲临探视自己，锡翰遂秉承其意“请驾临幸”，多尔衮却又以“违令渎请”罪名处罚了锡翰，同时追究鳌拜包庇之罪、论死，后改为免死罚赎、降爵处罚。
这年冬，多尔衮死，顺治亲政。顺治皇帝福临亲政后，闻知鳌拜、索尼等人曾经盟誓“一心为主，生死与共”，忠心耿耿。遂对鳌拜、索尼等极为敬重，视为心腹、股肱重臣。从此以后，鳌拜随侍顺治身边，直接参与管理国家各类事务。顺治十八年（1661年），顺治“遗诏”索尼、遏必隆、苏克萨哈、鳌拜四人为“辅政大臣”。鳌拜、索尼作为异姓（非皇族）辅政大臣，可见地位之高。
起初，四位辅政大臣各安其事，时间久了，羽毛渐丰。特别是鳌拜，军人出身，看不起汉人，特别是“投降过来”的汉人，先在军队中洗劫汉人军事将领，换上自己的亲信。后慢慢将手插入朝政，由于索尼年高、经历丰富，鳌拜不敢造次。就在遏必隆、苏克萨哈身上打主意。鳌拜采取分化拉拢手段笼络了遏必隆等，因为这需要很多钱财。鳌拜就从圈地占田入手，侵吞了不少百姓土地。
这就引发了历史上著名的“旗地圈换”事件。遏必隆（钮祜禄氏，满洲镶黄旗人，后金开国五大臣之额亦都第十六子，母为清太祖之女和硕四公主，属于皇亲国戚。遏必隆当时是议政大臣，擢领侍卫内大臣，累加少傅兼太子太傅）遇事迁就，不愿多管闲事，就是喜欢贪占便宜，很快与鳌拜“结成”统一战线。鳌拜随着权利的膨胀，不再满足自己是四辅政大臣的末位。
由于“拿下”了遏必隆后，年老的索尼见精明的太皇太后博尔济吉特·布木布泰（即孝庄文皇后）没有动静，自己就开始“多病”了。剩下那个苏克沙哈（纳喇氏，清朝大臣，满洲正白旗人，历官议政大臣，领侍卫内大臣，加太子太保衔，母亲是努尔哈赤的第六女，属于皇亲国戚）虽说和鳌拜是连襟，但两人互不对付。将鳌拜等圈占土地田产之事暗地泄露给了康熙和三位满汉大臣（户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、保定巡抚王登联）。
康熙五年（1665年），苏纳海、朱昌祚、王登联奉鳌拜之命到蓟州、遵化等地丈量土地，为恢复两黄旗安置，同时迁走正白旗（多尔衮旧部）。惹恼三旗旧部，时值初冬，三旗兵丁及家眷跻身破庙、草棚、废窑；当地百姓则逐出家门，露宿荒野，一时间“号泣之声，闻于数里”。消息传到京城，各大臣纷纷上书弹劾三人。鳌拜大为光火，不从自身检讨，把责任全部推卸给了他们三个。
鳌拜知道这三人从中作梗，有意将事态扩大，把火烧向自己。便将他们革职、缉拿京城受审、交刑部议罪。刑部认为“查律无止条”，遂付“拨地迟误”的苏纳海、“纷更妄奏”的朱昌祚、王登联各鞭打一百的拟处。鳌拜认为太轻予以驳回。刑部又以加“籍没家产”、“不准折赎”再报。然鳌拜对刑部的处罚建议仍不满意。他的目的就是杀鸡儆猴，针对就是苏克沙哈和朝廷。
康熙为了避免制造新的冤案，特招辅政大臣协调商议。令康熙没有想到的是：除了苏克沙哈没有吭声外，其他三人都同意用重典。康熙表示报太皇太后后再下旨意。鳌拜却假传诏令，将苏纳海、朱昌祚、王登联处于绞刑。可怜三大臣冤赴黄泉！此前，鳌拜就因为种种小事，杀了不少异己。比如费扬古之子倭赫是康熙贴身侍卫，曾在御前对鳌拜表现不满，鳌拜因此衔恨在心。
康熙三年（1664年）四月，鳌拜以倭赫等人私骑御马、擅取御用弓矢射鹿的罪名将其处死。费扬古对鳌拜睚眦必报、痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将费扬古及其子尼侃、萨哈连一并处死，籍没的家产全都给了自己的弟弟都统穆里玛。鳌拜还以新历有悖旧制为由，打算将不听话的汤若望处死，好在孝庄皇太后出面才保了汤若望一命。
鳌拜狂妄至极，眼中除了自己，基本没有了朝廷。资格最老的索尼见鳌拜日益骄恣，料定鳌拜将来必败，此时又摸不准朝廷、特别是孝庄皇后的意图。便以年迈养病为由、任由鳌拜胡闹惹事。康熙六年（1667年）六月，索尼病死。鳌拜及班布尔善诬以“不欲归政”为由，列出“二十四罪”，将列在鳌拜之前的苏克沙哈处死。因此，朝廷大小事基本控制在鳌拜手中。
索尼虽然在生前没有做遏制鳌拜的势力，不过他临死前的一个小动作却为解决鳌拜的问题创造良好转机。索尼上书请小皇帝康熙遵循先帝顺治14岁亲政的先例，开始亲政。七月，康熙亲政。按理鳌拜、遏必隆两人应辞去辅政大臣之职，但他们根本就不提这事。专横的鳌拜成了康熙亲政的绊脚石，对皇权构成了严重威胁。法国传教士白晋记载说：“在康熙十五六岁时，四位摄政王中最有势力的宰相（即鳌拜），把持了议政王大臣会议和六部的实权，任意行使康熙皇帝的权威，因此，任何人都没有勇气对他提出异议”。
康熙早就决意铲除鳌拜集团。此时不露声色，挑选一批身强力壮的士族子弟，整日在宫内练习布库（徒手相扑、摔跤游戏）为戏。鳌拜见了，以为是皇帝贪玩、沉迷嬉乐，不仅不以为意，心中反暗自高兴。康熙八年（1669）五月，康熙先将鳌拜、遏必隆升为太师，再将他们的亲信升职调往各地，离开了京城。又安排自己的亲信掌握了京师的卫戍权。
这样不动声色的将鳌拜架空了。终于等到鳌拜入宫，康熙一声令下，这些整日练习布库的少年们一拥而上，将猝不及防的鳌拜扑倒在地，鳌拜束手被擒。将此前就收集好鳌拜的三十个大罪公布朝廷。诏令称：“妄称顾命大臣，窃弄威权”！按说，按照这些罪状，理应将鳌拜革职处死。康熙毕竟是封建时代的明君，念起鳌拜此前为皇室效力颇有功劳份上。
只是革去一切职务、没收家产、终身圈禁。同年秋，也就是康熙八年（1669年），鳌拜在圈禁中死去。他的党徒穆里玛、塞本特、讷莫、班布尔善等则被处死、流放和降职处理。遏必隆则削去其太师之职，夺世爵，下狱论死。康熙五十一年（1713年），康熙念起鳌拜旧功，赐他一等功男；雍正继位赐封他一等公。乾隆四十五年还下诏说：“鳌拜当日自恃政柄在握，辄敢擅权骫法，邀结党羽，残害大臣，罪迹多端，难以枚举”。
