司马迁在《景帝本纪》中抹黑汉景帝，在《今上本纪》中抹黑汉武帝，在《卫将军骠骑将军列传》中抹黑卫青、霍去病，并且将卫青、霍去病放进了《佞臣传》。同时，司马迁拔高项羽、韩信、李广、李陵等历史人物，把并非帝王的项羽写进了本纪，造成秦末楚汉战争史严重失真。司马迁自己知道《太史公书》是不能通过汉武帝及朝廷的审核的，他就做了个备份。
《太史公自序》：“藏之名山，副在京师，俟后世圣人君子”。《报任安书》：“仆诚已著此书，藏之名山，传之其人通邑大都”。司马迁说正本藏在名山，副本留在自己家里。根据冷清先生考证，正本藏在司马迁的外孙杨恽的老家华山脚下，他希望外孙杨恽传播《太史公书》。司马迁之所以这样做，他很清楚《太史公书》面君之日，就是自己的死期到了。
公元前88年，汉武帝听说司马迁写成《太史公书》，就命令司马迁把《太史公书》搬进宫来。汉武帝阅读了《高祖本纪》、《景帝本纪》、《今上本纪》，随后汉武帝勃然大怒，遂将司马迁再次下狱。班固的《汉书》记载，汉武帝在甘泉宫休养，陪侍的钩弋夫人（赵婕妤），因为犯了错误受到汉武帝训斥，后来钩弋夫人忧郁地病死在云阳宫。
汉武帝就命人将钩弋夫人就地下葬了，司马迁从此也就失去踪迹，冷清先生推测汉武帝秘密处死司马迁，并将司马迁给钩弋夫人陪葬了，因为后世根本找不到司马迁的尸骨和墓地，后来陕西韩城做了司马迁的衣冠冢。西汉刘歆著、东晋葛洪注解的《西京杂记》，有这样一段关于司马迁的记载：“太史公序事如古春秋法，司马氏本古周史佚后也。
作景帝本纪，极言其短，及武帝之过，帝怒而削去之。后坐举李陵，陵降匈奴，下迁蚕室。有怨言，下狱死。宣帝以其官为令，行太史公文书事而巳，不复用其子孙。”东汉学者卫宏在《史记•集解》《汉旧仪》注中，也记载了大致相同的内容。《西京杂记》中的这段话翻译成现代汉语:“司马迁写《太史公书》类似春秋笔法，司马迁搜集了周史散失的部分。
司马迁写的《景帝本纪》，言语极其简单；在《今上本纪》中只讲汉武帝的过失，汉武帝大怒而将司马迁下狱处死。先前，李陵投降匈奴，司马迁为李陵脱罪，汉武帝将司马迁下狱并阉割（蚕室）。司马迁为此非常痛恨汉武帝，因此抹黑汉高祖、汉景帝、汉武帝，被汉武帝下狱处死。汉宣帝吸取司马迁的教训，太史令、中书令只是行使文书的职责，再也不任用司马迁的后人子孙。
”汉宣帝的时候，司马迁的外孙杨恽在朝为官，杨恽的性格很像司马迁，得罪了朝廷中的很多大臣。杨恽继承了其父和后母的几百万家产，日子过得不错，就私自传播《太史公书》。太仆戴长乐举报杨恽“以主上为戏(拿皇帝开玩笑)，语近悖逆”，汉宣帝就将杨恽下狱，后来又释放了免为庶人。孙会宗写信劝说杨恽，杨恽仿照《报任安书》写作《报孙会宗书》，怨恨汉宣帝、讥笑孙会宗、咒骂大臣，后来被人告发，汉宣帝就将杨恽“腰斩”了。
恒宽在《盐铁论—周秦第五十七》中，不点名的嘲讽司马迁是没有品行之人，见利忘义苟且偷生，身被宫刑，却围绕在皇帝身边，出入宫廷高官厚禄。混迹于卿相之列，身受刀锯之刑，却不思哀伤、悔改，连个老百姓都不如，真是无耻到了极点。原文：“今无行之人，贪利以陷其身，蒙戮辱而捐礼义，恒于苟生。何者？一日下蚕室，创未瘳，宿卫人主，出入宫殿，由得受奉禄，食大官享赐，身以尊荣，妻子获其饶。
故或载卿相之列，就刀锯而不见闵，况众庶乎？夫何耻之有！”班固因为同情司马迁，有“兔死狐悲”之感，因此在《汉书》中没有记载司马迁怎么死的。后世有人认为司马迁死于 “巫蛊之祸，流及士大夫”，因此推测司马迁死于公元前90年，但是又没有确凿的证据。西汉学者褚少孙曾说过“太史公记事，尽于孝武之事。”有人据此推测，司马迁死于汉武帝之后，这些人没有明白褚少孙的原话的意思。
褚少孙的话是说：“司马迁记载历史事件，结束于《今上本纪》。”但是，《今上本纪》等十篇，后来在传播过程中散失了，今天看到的《景帝本纪》、《武帝本纪》是褚少孙后来补写的。褚少孙和班固一样，都非常同情司马迁，故此褚少孙在补写《史记》时，还是不忘顺便抹黑一下汉武帝。褚少孙记载的钩弋夫人之死，和《汉书》的记载完全不一样，褚少孙说：汉武帝把钩弋夫人的儿子刘弗陵任命为太子，为了防备钩弋夫人学习吕后，就赐死了钩弋夫人。
