由于功过相抵，并未受到处罚。薛仁贵天山一战，成就了自己战神威名，也使得九姓铁勒从此衰败，无力威胁边疆。但唐代人因其坑杀降兵过于残忍，所以没有让薛仁贵进入武庙。六，平灭高句丽。解决了不听话的铁勒九姓后，薛仁贵也没闲着，因为东边的高句丽还没有彻底解决呢。在公元666年，高句丽权臣渊盖苏文病死，他的儿子们为了争夺继承而大打出手，内乱爆发。
被哥哥们夺权的泉男生投靠了唐朝。并且与唐军一起出征高句丽。这真是灭亡高句丽的天赐良机，唐高宗命薛仁贵率部众跟随李世绩攻打高句丽，唐军到一路节节胜利，但到了金山的时候，受到了一些小挫折，高句丽趁胜进攻，满以为可以转败为胜，但他们忘了，唐军里有薛仁贵这样开挂一般的牛人存在。正当他们反扑唐军时，薛仁贵忽然率军杀出，把高句丽军前后截断。
一场混战下来，被杀了五万多人。薛仁贵乘胜追击，一举攻下三座城池，与泉男生的军队会师成功。李治亲自写信给他说:“金山的故事，你冲在士兵的前面，奋力杀敌，不顾自己的性命，左冲右击所向无前，各部军队都非常的有勇气才，使得这一次战役很快就取得了胜利。”第二年，薛仁贵带领两千精锐突袭高句丽军事重镇扶余城。有人说他带这么少的兵会不会太冒险，老薛很牛逼的说:“士兵的多少并不重要，关键看会不会运用！”事实证明，薛仁贵确实很牛，他用两千人奇袭，硬是攻破了扶余城。
并且杀死和俘虏一万多高句丽军。这真是开挂一般的存在了，面对这样没战必胜的神人，高句丽有什么办法呢？大小城池一听到薛仁贵来了，纷纷望风归降。终于，李世绩与薛仁贵最终会师于高句丽都城平壤城下。公元668年九月，有人打开城门迎接唐军。唐军入城后擒拿了夺权的泉男建等人，高句丽灭亡。唐朝设置安东都护府管辖高句丽故地，并任薛仁贵为右威卫大将军兼检校安东都护，封平阳郡公，率兵二万人留守平壤。
同时唐朝还在朝鲜半岛南部设置了熊津都督府管辖百济故地。而向大唐臣服的新罗则被设置为鸡林州都督府，都督由新罗国王担任。经过多年的东征，大唐王朝将整个朝鲜半岛纳入了自己的控制范围。这也为后来的唐罗战争埋下了导火索。在治理高句丽遗民的时候，薛仁贵能够任用当地的贤能之士，并且以仁爱为治理的基本原则。他帮助高句丽恢复了生产和治安，让高句丽遗民们很是感激。
这也就是后人所说的“薛仁贵仁政高句丽”的故事。然而，自从平灭高句丽以后，老薛开始走背运了。不久以后，他离开高句丽，再次被派去征西。七，大非川惨败。公元670年，李治为了争夺吐谷浑而命56岁的薛仁贵领军五万征讨吐蕃，他安排副将郭待封将辎重粮草驻扎在地势险要的青海大非川。自己亲自率领精锐突袭敌人的重镇乌海城，驻守在这里的吐蕃军大败而逃，薛仁贵占领乌海城，并打算下一步就直接突击吐蕃都城逻娑城(今拉萨)。
如此一来，可以彻底解决吐蕃给西域带来的威胁。然而就在胜利即将到来之际，后方却出问题了。原来这个郭待封也是出身将门，身份尊贵。之前一直与薛仁贵是平级的将领，但此时却作为副将管理辎重粮草，这让他心里很不平衡。他不愿意功劳被薛仁贵独占，于是违背了薛仁贵的安排，擅自带领军队离开大非川缓缓前进。结果，离开了有利地形，唐军的粮草辎重部队被吐蕃和吐谷浑联军围困，死伤惨重。
断了粮草补给的薛仁贵无奈只得从乌海城撤军救援，唐军退回到大非川。吐蕃和吐谷浑联军四十万进攻大非川，唐军惨败。战败后薛仁贵与吐蕃鉴定了停战条款而得以回国。大非川惨败后，朝臣纷纷请求严惩战败将领。薛仁贵对唐高宗做出了自己的辩白:“根据天象显示，不宜西征，出师不利失败，是注定的事。”唐高宗听后大为恼火，直接将薛仁贵贬为庶人，这算是从轻发落了，因为要按照当时造成了严重后果来说，是该直接被处死的。
这说明李治给他留了一条后路。八，再次启用与流放象州。薛仁贵被贬为庶民的这些年到底干了什么，由于史料的缺乏，我们后世也不知道。但是就在他被贬谪以后没多久，朝鲜半岛又开始叛乱了。于是唐朝再次启用薛仁贵，这次他被任命为鸡林道总管。关于薛仁贵任鸡林道总管时发生了什么，国内的史书没有记载。只是说老薛这次又因为惹事情被流放到广西象州去了。
