虽然雨之国只是一个小村庄，但是当时忍界最强的存在之一，号称忍界半神的半藏就是雨忍村的人。当时的三忍应该只是普通上忍的实力罢了，三人却遭遇到了忍界的巅峰强者半藏，在和半藏进行了激烈的交手之后，三人发现及时是他们合力也不是半藏的对手。而半藏也是感叹三人年纪轻轻却拥有如此强大的实力，所以决定放他们一马并且赐予了他们三忍的称号。
在第三次忍界大战当中，三忍是有着不俗的表现的，可以说是为木叶的胜利奠定了坚实的基础。而在战争结束了之后三忍也都变成了木叶的英雄，受到了木叶村民的欢迎。之后三忍选择了各自不同的发展道路。自来也应该是当了一个纯粹的忍者，在木叶执行任务。而纲手则是开始研究医疗忍术，并且开创出了属于自己的体系，还把医疗忍术给推广了出去。
至于大蛇丸则是开始致力于研究禁术，大蛇丸的追求和另外两个人不一样，他想要探索世界的真理，因此需要漫长的生命，所以大蛇丸的研究方向也变成了永生。 叛逃木叶大蛇丸因为一心想要追寻世界的真理，，所以开始对禁忌忍术进行研究，他先后研究了二代火影的秽土转生，而且还对初代火影千手柱间的细胞进行了研究。但是在两种研究在木叶都是不被允许的。
首先是禁术秽土转生，秽土转生的本质是把死者再次召唤到这个世界上来，而凡事都是有代价的。秽土转生的代价就是需要用一个活人来当牺牲品，所以这个忍术才会被封存起来。而大蛇丸的另外一个研究是针对初代火影柱间的细胞的。因为在大众看来，初代火影柱间之所以那么强大主要就是因为他有着木遁这个血继限界，而团藏想要重现初代火影的荣光，所以和大蛇丸一起进行了研究。
他们在一百个婴儿的身体当中植入了柱间细胞，但是最后活下来的人却只有一个罢了，其余人都夭折了，无疑这又是一个十分残忍的研究，牺牲了九十九个婴儿才获得了一个柱间细胞的拥有者。而这个婴儿就是大和，在大和成长起来之后并没有初代那么强大的实力，这个实验也无疑是失败了的。而随着大蛇丸实验的展开所造成的伤亡自然也是越来越大了，最后被木叶发现了大蛇丸在进行禁忌的忍术研究。
被木叶发现了之后大蛇丸不得不终止了他的研究，并且在最快的时间内逃离木叶。三代派了自来也去追捕大蛇丸，而自来也也是顾及到他和大蛇丸曾经的友谊所以放走了大蛇丸。 报复木叶大蛇丸在离开了木叶之后，自己组建了势力，并且很快的发展了起来。大蛇丸不管是能力还是心智都是十分出色的，所以他组建的音忍村也很快变成了忍界一个小有名气的村子，而且没有人知道其实音忍村是大蛇丸创建的实力。
在多年后，大蛇丸还派了音忍村的忍者到木叶去参加了中忍考试，大蛇丸对木叶的报复也接踵而来。大蛇丸和砂忍村的人早早的达成了默契，想要在木叶中忍考试的时候发动趁机毁了木叶。但是大蛇丸却背叛了砂忍村，在风影前往木叶的路上偷袭并且杀死了风影，然后大蛇丸利用了风影的身份到木叶观看了中忍考试，并且中忍开始快要结束的时候劫持了他的老师三代火影，和三代火影进行了一次激烈的战斗。
但是他们两个人的战斗无疑是十分激烈的，大蛇丸也使用了他研究多年的禁术秽土转生，召唤了一代和二代火影一起进攻三代。三代最后还是寡不敌众，无奈之下也只能使用了禁术尸鬼封尽，把一代二代还有大蛇丸的一双手臂的灵魂都给封印了，大蛇丸颠覆木叶的计划也因此破产。 大蛇丸叛逃木叶的真相其实大蛇丸的叛逃还是疑点重重的，按理来说的话其实大蛇丸完全是没有必要叛逃的，他的叛逃看起来更像是有一次被人幕后安排的行为。
首先大蛇丸是三代的弟子，而且在三战当中立下了汗马功劳可以算是木叶的大功臣。再加上大蛇丸和团藏之间是有着默契的，大蛇丸所做的研究成果不少都落在了团藏的手里，不管是大和还是对柱间细胞的开发又或者是对宇智波一族写轮眼的培养，最后这些东西都变成了团藏的战利品，变成了团藏用来壮大自己的武器。很多时候寻找幕后凶手的方式就是看谁是最大的获利者，那这个人是幕后凶手的概率就也很大，而综合看来的话团藏才是大蛇丸叛逃事件最大的获利者。
大蛇丸一走三代就少了一个影级的支持者，而团藏则是获得了不少的好处，由此可以判断，大蛇丸的叛逃和团藏应该是有很大的联系的。而且最关键的是团藏应该还把一切的责任都推到了三代的身上，让大蛇丸误以为是三代想要杀了他。但实际上三代还是很看重他们的师生情谊的，就算是大蛇丸叛逃了也是想要放大蛇丸一马的。三代派去追杀大蛇丸的人是自来也，按照自来也的性格根本就不可能对大蛇丸下手，三代肯定也是知道这一点所以才会故意让自来也去的，目的也是显而易见，那就是想要放大蛇丸一马。
