嘉靖死后，他的儿子继位，只是他儿子却差远了，基本上被内阁压着。穆宗想为自己的老婆买些首饰，内阁却找各种理由阻止，显然内阁在嘉靖朝时受到的压制太久了，在嘉靖的儿子回报下来。穆宗只好妥协了，自己的家事都被人管，可见当时的内阁已经压制了皇权了。到了明神宗时，出了个张居正，张居正完全不把神宗小皇帝放在眼里，朝廷上的大小事张居正说了算，皇帝一点权利都没有，当然啦，到神宗长大后也对张居正进行报复了。
到了明朝的晚期，明熹宗朱由校时魏忠贤对内阁的东林党官员进行清除，皇权占了上风。最后一任皇帝崇祯，他杀了魏忠贤，用东林党的官员进入内阁，崇祯不信任东林党，东林党也不信任皇帝，大家互相糊弄，最后把明朝给搞灭亡了。明朝的内阁其实就是封建社会君权专治的产物，在实际操作下在特殊情况下，内阁是可以制约皇帝的，如当政的皇帝很年幼，只是只要皇帝还在一天，内阁是永远也不会把皇权给搞掉的，因为皇帝手里有兵权，做恨了，把内阁官员杀掉也是可以做到的。
明朝内阁和清朝军机处都是中央机构，哪个能够对抗皇权？
共同点：明朝内阁和清朝军机处都是君主专制制度下的中枢机构明清两代，在废除宰相之后，皇帝实际上兼任宰相职务。明朝内阁和清朝军机处就是在这种大Boss兼CEO的情况下出现的替代性中枢机构。明朝内阁和清朝军机处都有一个从建立到完善逐步演化的过程，主要充当皇帝的顾问、助手、秘书，属于咨议、协调部门和处理奏章、起草诏书的办事机构。
明清之时，大臣进入内阁或者军机处都是所谓“参预机务”，都是进入权力核心的标志。差异点：内阁和军机处的产生背景和职权有所不同，内阁大臣和军机大臣的选拔和任用机制明显不同明朝内阁和清朝军机处的产生背景和职权有所不同洪武十三年，胡惟庸案之后，朱元璋废除了中书省和宰相，分中书省之权归于六部。从此时起至建文时期，由皇帝直接掌管六部百司的政务，实际上等于兼任宰相，把君主专权扩大到了顶峰。
朱棣虽有朱元璋一样独揽大权的雄才伟略，但一次又一次的御驾亲征让他不能真正意义上地总揽政事，于是一个帮助皇帝的“助手”机构——内阁应运而生。朱棣即位后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，称为内阁。真正成形的内阁制度至此建立。到了仁宗、宣宗以后，内阁的地位和作用一步一步的逐渐提高。内阁地位提高的一个显著标志是内阁拥有了“票拟”大权。
当时的政务处理流程是这样的，所有的奏章统一送至通政司，然后送到内阁由其提出处理意见，再送进宫中由皇帝最终“批红”，皇帝批红后下旨执行。明英宗以后，宪宗、武宗、穆宗、熹宗等皇帝都特别宠信宦官，经常将“批红”的大权都交给了司礼监，于是内阁的职权受到宦官的钳制，出现了内阁与司礼监双轨辅政的局面。明中叶以后，王振、汪直、刘瑾、魏忠贤等著名的大宦官，在他们得势时都大力压抑和控制着内阁，使明朝历史上出现了最为严重的宦官专权的政治局面。
清朝入关之后，“清承明制”，清朝政治制度仍是以皇权为核心，其制度既有中原传统王朝的共性，又有满洲民族的特色。清朝虽然也有“内阁”，但与明朝已有明显不同，一般仅为清贵机构。顺治时期至康熙前期，清朝沿用了八旗议政的传统，成为清代前期重要的中枢决策机构。满洲八旗每旗派三人任议政大臣，参议国家大政。康熙十六年，康熙皇帝设立南书房，抽调一部分翰林官到南书房办事，重要的谕旨直接命南书房撰拟，南书房实际上成为皇帝的机要秘书处，“权势日崇”。
南书房地位的提高，是康熙皇帝削弱议政王大臣会议和外廷内阁权力，实施高度君主集权的重要步骤。为了进一步巩固皇权，雍正皇帝于雍正七年对中枢机构进行了重大改革，设立了军机房（处）。尽管军机处的出现最早是出于西北用兵的需要，以方便快速决策和加强保密，但是军机处实际上逐步演化成为替代康熙时期南书房职能的核心权力机构（可以说军机处是南书房的2.0版）。
明朝内阁大臣和清朝军机大臣的选拔和任用机制上不同明朝设立内阁初期，内阁阁臣大多由翰林修撰、编修或讲官充任，其后内阁地位逐步提升，多由六部主要官员兼任，嘉靖时将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，地位大大提高。明英宗以后，形成了入阁的惯例，有所谓“非进士不入翰林，非翰林不入内阁”之说，翰林院成为明朝储材之地。
明朝内阁制度完善之后，首辅和阁臣的选拔和任用有了制度性安排，即阁臣由“廷推”产生候选名单，皇帝从中挑选任命。总体而言，明朝的首辅和阁臣地位还是比较高的，政治待遇也相当不错。从永乐时期到崇祯时期，总共产生81任首辅，其中包括复任和代理的首辅，实际出任首辅或代理首辅的是61位大臣，其中状元及第的有胡广、陈循、彭时、商辂（三元及第）、费宏、顾鼎臣、李春芳、申时行等8人，会元、榜眼的有王锡爵、李廷机、施凤来等3人。
据我个人初步统计，明朝首辅（知道生卒之年的57位）的平均寿命达到70岁多，有52位死后得了良谥。清朝军机处大臣、章京等都是由皇帝直接任命安排，均为兼职。明朝内阁和清朝军机处，能不能对抗皇权或者制衡皇权？说到底，明朝内阁和清朝军机处都只是君主专制下的统治工具，肯定都不能对抗皇权。明朝内阁在一定时期还是能够制衡皇权，或者在制度安排上能够制衡皇权。
清朝军机处制衡皇权的可能性就很弱。因此，从总体上，对皇权的制衡作用，明朝的内阁显然要强于清朝的军机处。此外，说起对抗皇权，还有一个不得不说的制度安排，即封驳权。所谓封驳，意为封还皇帝失宜诏令，驳正臣下奏章违误。汉代封还诏书之事多有，然无封驳之名，亦无专官执掌。之后朝代，封驳权一般归于宰相或者谏官，这算是大臣对抗皇权的最后杀手锏。
明朝的内阁制度是不是民主的雏形？它与现在西方内阁制有什么区别？
某种意义上，好像是，有那么些特征表现在，但又不尽然，似是而非，搞的挺让人疑惑的。一方面，明朝内阁制，西方内阁制，都叫内阁制，起码翻译如此，未曾改动区别过。而西方内阁制，又号称“民主制度”的一种，长期霸占着西方媒体的头版头条，不可一世，自比天高。那么，明朝内阁制，当然可以说，如何不是民主的呢？另一方面，明朝内阁制不在了，西方内阁制却在，还发展的有声有色，这就是两者本质的区别。
此外，国家元首之定位不同，明朝是皇帝真的说了算，也不实行选举，没有多数党领袖一说，更别提自行组阁，以及提名各部首长了。相反，西方内阁制，就大不相同，长期设有“虚位元首”机构，以代表国家和人民，乃主权与领土的象征，意义非凡。当然了，明朝是啥时候，过去几百年了。西方呢？资本主义发展几百年了，肯定区别不是一般的大。
