在那段时间，摩登是一个正义、坚韧、爱心、办事高效的正规军军官，在军队中深受尊敬。同时，他也是一位慈爱的父亲，儿子长大之后继承了他的勇气和智慧，为正义而战。然而不幸的是，因正规军的情报部门调查失误，摩登的儿子在一起中央公园爆炸案件中丧生。来自官方剧情深受打击的摩登神智出现了混乱，人也开始变得癫狂起来。他竟然带领自己的部下叛离正规军，并成为正规军的敌对势力，自称“将军”。
从这个时候开始，摩登完全变了一种性格，对于他来说，曾经的正义或许仅仅是虚伪的言辞，绝对的力量才是真正的“正义”。艾伦是摩登最忠实的下属。在摩登叛变之前，其实就已经有很多和正规军政见不合的起义军，因为当时有中将摩登在，这些起义军一直被压制。然而摩登叛变之后，竟然选择和这些起义军连成一线，共同对抗正规军。
随着叛军数量的不断增加，摩登的军队战无不胜，已经将本区的正规军逼上了绝境。正规军为了改变现状，开始着手研究并生产新的武器和战车，经过多次试验后SV-001型坦克(玩家使用的载具)研制成功。在SV-001的攻势下，正规军终于挽回了局面，和叛军形成抗衡之势。然而，坦克的实验室最终被叛军们发现，他们发动了强势攻击，摧毁生产SV-001型坦克的工厂，并夺取到数辆成品和设计图纸。
之后，摩登自己建立了实验室，用来研究SV-001型坦克和其改型，并在后期投入生产。正规军的形式非常不乐观，岌岌可危。《合金弹头1》的剧情中，在战况相当不利的情况下，正规军派出了最精锐的军人：马克和塔马，渗透到叛军的腹地，摧毁SV-001型坦克和实验室。两人出色的完成了任务，狠狠打击了摩登建立的军事要塞。
并在最后一刻生擒了落单的摩登将军。通关之后我们可以看到战败的摩登将军，望着漫天的繁星若有所思。战争带来的只有毁灭，然而谁能结束这场纷争呢？摩登将军，被捕！按说剧情这样结束也算是完美的收官了。但是因为《合金弹头1》的大火，让Nazca公司被SNK强势收购。这就意味着《合金弹头》将会继续打造更多精彩的续作，于是后期就有了1、2、X、3、4、5、6、7、XX、合金弹头3D这些作品，成为了几代玩家们的重要回忆。
在后期的作品中出现了新的势力、其中包括火星人、异星人、死亡面具和远古遗迹，该系列也就不仅仅是一款反战题材的游戏了。《合金弹头1》之后要打造续集，那么故事就要继续发展下去。作为初代的反派势力“摩登将军”自然也是少不了的。《合金弹头2》故事一开场就是摩登将军成功越狱，并顺利回到了根据地重新积蓄力量。按说正规军的基地固若金汤，摩登完全没有可能逃脱的。
而且他的越狱非常诡异，在没有破坏任何建筑设施的情况下，就这么平白无故的消失了。而根据当晚的记录来看，摩登将军或许是被某种天外力量救出去的，因为当夜星空中曾经出现过不明飞行物。正规军高层察觉到事态的严重性，立马派出了情报部门的精英菲奥和英里来协助调查。于是，新的战斗即将展开。没错，摩登将军和火星人达成了某种协议，火星人帮助摩登提升了科技水平，并打造出大量重型战斗单位。
在火星人的指引下，摩登军队在古墓中挖出了远古遗迹，并成功的启动“超弩级岩盘掘削机械”，企图使用远古科技来歼灭正规军。在菲奥和英里的调查之下，发现了“超弩级岩盘掘削机械”的弱点正是在“咽喉”之处，马克和塔马冒死潜入内部，成功阻止了它的运行，彻底粉碎了摩登和火星人的计划。再次见到摩登已经是在第六关关底，有火星人撑腰的他嚣张的显得不可一世，似乎并不知道大难临头。
而他脚下的正是火星人当初提供给他逃出监狱的“Space tank”！Space tank的性能非常独特，可以在太空中飞行，并随意控制方向、同时可以在陆地上像坦克一样行进，于是后期就成为了摩登的专用载具。我们在后期的版本中都可以看到他在使用。摩登和火星人的协议到底是什么？没有人知道，或许只有在《合金弹头3》中才会有真相。
然而在《合金弹头2》中，摩登明显被火星人摆了一道。它们的目的或许并不仅仅是控制地球的一小块区域，于是火星人抓住了摩登将军，并企图控制他的部队。在这场关系着人类生死存亡的战争中，摩登终于放下了身段，示意部下和正规军合作。人类首次统一了战线：正规军、叛军、起义军、各地军阀纷纷加入到这场战斗之中。这是属于一个时代最轰轰烈烈的战役。
