叛军们毫无保留的将家当全都亮了出来，并利用重型坦克为正规军挡住了最具破坏力的袭击，最终也是叛军牺牲自己炸毁了飞碟。没错，只有人类自己才是最值得信赖的伙伴！《合金弹头X》的最终结局或许是人类赢了，并成功救回被抓走的摩登将军。火星人威胁暂时解除了，然而这群不同党派的人类，在未来的日子中是否能够相安无事呢？遗憾的是，在《合金弹头3》中我们才发现，原来当年在《合金弹头X》中击败的火星人战舰并没有离开。
而火星人的母巢一直都在太空之中潜伏，等待着下一次的侵略。当年摩登和火星人的协议在《合金弹头3》中终于有了真相，一关出现的大量被核辐射之后变异的生物：巨大的海鳗、寄居蟹。并且在某一关的隐藏关卡中发现了寄生虫的巢穴，各种来自外星的巨型蛆虫、蜗牛、母虫似乎已经适应了地球环境，这些就是摩登配合火星人在地球生物进行的实验。
二关出现了同样来自火星的摩罗十诫，它们是受到火星人的感召而来，目的是想将地球打造出适合火星居民生存的环境。它们通过摩罗十诫散播各种丧尸病毒，让整个地区笼罩在死亡阴影之下。正规军在逃亡出来的叛军口中得知了真相，潜入病毒区成功击败了二关的BOSS：莫罗之眼，摩罗十诫的操控者。在四关出现了火星远古遗迹：太阳神（Sol Dae Rokker） ，它的存在就是为了保护古代遗址免受地球生物的侵害，然而摩登和火星人却唤醒了它。
根据情报部门菲欧和英里提供的消息，太阳神的弱点就是正中的红宝石，那是启动源。在最终关中，正规军成员发现了摩登被伪装的秘密，并在期间表现出让火星人惊讶的实力，这引起了火星人的重视。于是它们利用高科技强行抓捕了主角，想利用这个人类体质制造大量的复制人。最终战一触即发，主角们在叛军的帮助下，乘坐火箭升空追击外星人。
这段传奇的太空之战，开启人类抗衡外星文明的新纪元。其实摩登并不是傻子，早在和火星人打交道的时候就已经考虑到了。未来的某一天可能会和火星人开战，因此打造了大量的火箭发射器有备无患。而如今火箭发射器正好派上用场，成为正规军们消灭火星人的主力。火星之根，就是火星人的首领，同时也是孕育火星人的母体。玩家在母巢中找到了火星之根，并利用叛军送来的武器歼灭了它。
多年后，摩登才发现了火星人侵略地球的真正原因。是因为它们的天敌异星人（金星人）出现在火星，并以火星人为食物，导致火星人几乎屠戮殆尽，火星之根不得不带领残存的火星人逃离家乡侵占地球。而据可靠消息，异星人的下一个目标就是地球。于是摩登再次选择和火星人合作，人类和火星人能够打败异星人唯一的希望就是：火星之根。
然而在《合金弹头3》中火星之根已经被打残，掉落在大海之中，人类必须要想办法将火星之根打捞起来才有一线生机。于是在《合金弹头6》中我们看到了正在打捞火星之根残骸的摩登部队。在火星之根刚刚拉出水面的瞬间，异星人突然杀到了。它们击溃了摩登的部队，并将在场的火星人全部食用。一场浩劫看来已经无法避免了。这时候，摩登想到了自己的老对手们，或许只能和他们合作才有希望吧！最终火星人和叛军、正规军达成一致，三方联手抗击共同的敌人：异星人。
正规军负责正面硬刚异星人，摩登继续负责打捞火星之根。火星人则负责火星之根的活性修复工作，并在火星之根上面加入了地球最强大的火力。在火星之根修复完成的那一天，就是和异星人的最终决战。那一天，正规军操控着火星之根，深入异星人巢穴，面前出现的异星人在强大的火力面前完全不堪一击。而在巢穴深处，主角们遭遇了有史以来最大的威胁：异形皇后。
这一战，或许没有人可以生存下来，但是至少也要和这个巢穴同归于尽，这是赌上人类命运的最终一战。抱定必死决心的正规军，成功的击败了异星人的首脑。然而异形皇后爆炸的余波却将他们全都震下了悬崖。在这最关键的时刻，摩登出现了，他驾驶着Space tank救下了几位主角。仍然是他标志性的大笑声，仍然是那么嚣张，但是这一次却没有人再反感了。
街机类游戏中除了《合金弹头》还有哪些游戏可以救人质？
《合金弹头》系列中最经典的元素就是救人质，在救到这些人质之后能得到非常高端的道具，像是：武器、弹药、加分道具、瘦身药，运气好的话甚至还会遇到会波动拳的老头成为跟班。要是玩家保持不死，在过关的时候人质还能纳入统计分数。因此，一般玩家见到人质，就会拼命过去营救的。那么，在其他游戏中有没有类似的设定呢？答案是肯定的！最初出现可以救人质的游戏是哪一款，因为年代久远的原因已经无从考究了。
