琦善没有在草约上加盖他的官印，但同意将上奏皇帝以求陛准。与此同时，他确保了英国人同意撤出定海、归还虎门附近的 要塞，并将贸易限定于广州一地；但是，英国人在草约还未经朝廷批准前就占领了香港。消息传到北京，龙颜大怒，皇帝将琦善撤职并命枷销押解回京，对擅自割让领土并同意赔偿一事进行查 办。朝廷称，琦善被派往广州是去勘查因林则徐举止失措而起的 事态并矫正其过失，因此无权与洋人签订任何协定。
他被处以抄 没家产(计有 1,000 万英镑之巨)和斩监候的惩罚，1842 年 5 月改判为流放黑龙江。英国政府同样对草约的条款不满，认为：赔款太少，不足以 抵偿被收缴鸦片的价值；撤离定海太早；香港主权的割让不完整。 巴麦尊告知女王称，义律没有充分利用他手头的军事力量，而接 受了『最低的』可能条款。1841 年 4 月 21 日，他严厉斥责义律 说：『你违背并藐视了给你的训令……从你的整个行动看来，你 彷佛从头到尾把我的训令视为废纸……你好像在根据你自己的 幻想， 任意摆布你的国家之利益……你居然同意立即撤出舟 山。
……你获得了香港，一座几乎没有一间房屋的荒岛；在我看 来，即使是这个所谓的割让，就其附加的条件而言，并非是该岛 主权的割让(那种割让只能由中国皇帝签字才有效)，而只是一种 让我们在那襄居住的许诺而已，就像葡萄牙人在澳门所获得的那 种立足点一样。』义律胆敢藐视训令一事， 或许可以从以下的事实中得到解 释：他在过去三年中一直没有得到任何训令，所以被迫在极其艰 难复杂的局势中自行其是。
他已非常习惯于自作主张，以致当他 终于获得特殊的指令时，竟意识不到他必须毫不含糊地执行这些 指令。义律为自己的立场辩护说，士兵中因痢疾、发烧和腹泻导 致的高发病率和死亡率使撤离定海势在必行；在缔结草约后重开 贸易使 20,000 吨积压货物得以清理，其中包括 3,000 磅茶叶， 这将给英国关税带来 300 万英镑的净收入；恢复通商将造成一种 和平的气氛，并将显示英国的宽宏大量。
但是，在他的申辩还未 送达伦敦之前，内阁就在 1841 年 4 月 30 日决定将他撤职，并拒 绝接受草约，另派璞鼎查(Henry Pottinger)爵士为新的驻华全权代表。第二阶段 双方政府之否认《穿鼻草约》，宣告了新一阶 段战事的开始。皇帝任命侄儿奕山为靖逆将军及钦差大臣，统领一支大军对付英国人。
在璞鼎查到任之前仍统率英军的义律发动 进攻，于 1841 年 2 月攻取虎门要塞，摧毁了中国人的防御工事，占领了珠江沿岸的所有战略要点，并包围了广州城，大股中国军 队被困在城里。行商和广州知府缴纳洋银 600 万元『赎城费』以 免该城涂炭，义律接受了赎金，以便能腾出手来率部北征，因为 他认为应直接对朝廷施加压力而不应在中国的边缘耗费力量。
1841 年 5 月 27 日达成了第二次停火，条件是：(1)在一周内向英 国人支付洋银 600 万元；(2)中国军队在六天内撤至广州城外 60 英里以外地区；(3)英军撤离虎门；(4)交换战俘；(5)搁置香港割让事宜。在赎城费全部付清后，英军于 1841 年 5 月 31 日开始撤退；此时，由当地士绅组织的一万名愤怒的广州人在三元里发 动了一场突击，令撤退中的英国人大吃一惊，但未对他们造成多 大损伤。
史学家将此事件看作是中国民族主义的第一次显现。 第三阶段1841 年 8 月，璞鼎查抵达澳门，义律返回英国， 这标志着第三阶段战事的开始。璞鼎查已受命绕开广州北上重占定海；占领长江沿岸的一些要地；如有可能，向北推进至白河以 重开谈判，谈判中应要求获取赔款、扩展通商口岸、保证英国臣 民在中国的安全、完全割让香港。
这些条款应写入一份正式条约， 由中国皇帝批准，然后送呈英国女王。璞鼎查不折不扣地执行了给他的训令，留下一些船只守卫香 港，然后于 1841 年 8 月 21 日出发北驶，率有船舰 10 艘及汽船 4 艘、携火炮 336 门与士兵 2,519 人。8 月 26 日占领厦门，10 月 1 日攻取定海，10 月 13 日克陷宁波。
当大为震惊的清廷从各省调 集更多的军队和乡勇时，璞鼎查也在 1842 年春从印度获得了增 援：计有 25 艘战舰携火炮 668 门、14 艘汽船携火炮 56 门、9 艘 救护和给养船、步兵总人数 1 万，此外还有炮兵。英军运动迅捷， 1842 年 6 月 16 日占领了吴淞，6 月 19 日占领了上海，7 月 21 日 占领了镇江（镇江是大运河与长江交汇处的重要交通枢纽），漕粮 正是从此处运往华北。
