其中120株分别植于梁洲和翠洲。据战后园林管理处统计，汪伪时期“植梅地区，不如樱花面积千分之一。”1937年“芦沟桥事变”后，抗日战争全面爆发。蒋介石政府迁都重庆，汪精卫政权相继在南京成立伪国民政府，玄武湖成了汪伪政权接待“友邦”军政要人的重要场所。侵略者可以肆意在园区内从事一切活动，日军不顾公园游人众多，时常在园内练兵，驰马纵横，臵游人生命于不顾。
虽经市园林管理处处长苏荣轩请求南京防空司令部予以制止，但最终收效不大。侵略者还在玄武门左侧修筑了一座堡垒，并架设机枪，对过往行人都要搜身检查。在日军统治下的南京，汪伪政府一点主权都没有，就连玄武湖闭闸蓄水，也得与日本特务机关协商。1939年，日军驻考试院（现市政府大院）部队，以玄武湖管理处关闸有碍部队用水为由，强令管理处开闸放水，并于闸旁臵一标牌，禁止关闸。
致使玄武湖水日渐枯竭，湖中水产和游船均受严重影响。后经市长高冠吾多次与日本驻军协商，才同意“每周一、四开闸两次，以资湖水调节。”1940年10月13日，日本驻华使馆在翠洲举行“日、德、意三国同盟庆祝会”。当日，玄武湖停止一切活动，除与会者持有特殊证件外，任何游人及车辆均不得入园，湖面船只一律停靠岸边。
会场外，荷枪实弹的日本宪兵岗哨林立。玄武湖处在一片白色恐怖之中。国人虽有怨言，但在那种国破山河碎的年代，只有将国耻铭记心中，有待雪耻之日。1942年11月，日本侵略者厚颜无耻地在翠洲举办了“大东亚战争博览会”，宣扬二战以来的“战果”，展出了偷袭珍珠港、侵占缅甸的电动模型。大汉奸卖国贼汪精卫应日本大使、派遣军总司令的邀请参观了该展览。
但这种“长他人之气”的展览，自开展以来便遭到国人的抵制。日本政府为了吸引观众，又在展区内增加了沐猴而冠、狗做算术之类的动物表演。尽管如此，但稍有爱国之心的人士也不涉足于此。1945年，抗日战争进入反击阶段。8月15日，日本帝国主义宣布无条件投降。1946年5月，蒋介石政府还都南京，玄武湖再次成为国民党中央政府和南京市政府政治、文化活动的中心。
莫愁湖最早形成于六朝时期，长江沿南京城西侧流过，与秦淮河汇合于石头城下，莫愁湖是长江的一部分，后长江改道北移，留下大片淤积地与一系列沼泽、池塘与湖泊。南唐时期，时称横塘，因其依傍石头城，故亦称石城湖。北宋《太平寰宇记》记载：“莫愁湖在三山门外，昔有妓卢莫愁家此，故名。”南宋以前，莫愁湖所在的位置，正是长江中的白鹭洲。
