首先，我理解的你说的手机格式化应该是手机恢复出厂设置。其中恢复出厂设置有很两种选择，一是保留数据，仅仅格式化存储卡的内容，应该是你提出的格式化，这样操作仅仅是手机上数据的清楚，当手机存储卡上内容未知的东西过多，造成存储不足时，可选择此操作，手机内的联系人等重要数据不会消失。二是清楚全部数据，即全部联系人，应用，数据，联系人等均会被擦除，即恢复到手机刚买时的状态，进行此操作前需要备份手机重要资料。
其次，再来说说刷机，刷机也分为两种。一种是卡刷，也就是下载刷机包文件，并复制到手机存储卡中，可以通过多种方式进行刷机，卡刷包一般包含system(系统apk文件)、META-INF(签名信息)、boot.img(内核)等文件夹和文件。（1）手机设置界面选择卡刷包（官方包），比如笔者手中的MIUI系统，可以手动选择官方卡刷包，另外，系统的正常升级也属于卡刷，用于新功能的增量更新。
（2）也可以通过recovery模式进行卡刷，可以选择民间官改包，比如美化的包，精简包等。（3）通过电脑端的助手类软件刷机也属于卡刷范畴，仅仅是通过电脑端下载，传输到手机而进行卡刷。二是线刷，即通过刷机工具，即通过fastboot模式连接电脑进行刷机操作，不同机型有对应的刷机工具和刷机包格式，部分机型需要提前解锁，如笔者手中的小米9，官方工具也有保留数据选项。
线刷会重新写入系统底层，同时可升级基带，一般卡刷升级失败时可采用线刷挽救。但是操作复杂，进行前一定学习具体操作过程，避免造成不可修复的错误。最后，总结一下楼主的问题，刷机和格式化还是有很大区别的，格式化仅仅清楚手机数据，不会对系统进行重新写入，而刷机则会进行系统重新写入，甚至更改系统底层，另外刷机不一定会格式化数据data分区。
