公开审稿和盲审常用的同行评议方法有两种：公开审稿和盲审。公开审稿过程中，作者的身份会向评审者公开，在有些情况下，评审者的身份也会向作者公开。在同行评议程序中把作者的身份向评审者公开方面，最常见的担忧就是评审者可能出现的偏见和缺乏客观性。根据沙茨的观点，评审者可能出现的偏见包括因个人的嫉妒而对作者产生的消极偏见以及因朋友关系或者对作者个人地位的同情而产生的积极偏见。
沙茨注意到有些评审者会认为某一特定群体中的一个成员所做的工作会优于或者劣于其他群体的某一成员的工作。尽管如此，有些资助机构（包括美国国家科学基金会）可能会利用评审者知道作者身份的一种评议程序来决定基金申请，因为作者的声誉及其成就可能会成为合法性审查的因素。即使在评审者知道作者信息的情况下，作者通常也不会知道评审者的信息，一些领域的期刊出版物也会利用这个体系。
在多数情况下，对于可能出现的评审者偏见的解决方案就是盲审或者匿名评审，这在期刊出版物和会议评审中都十分常见，在这个过程中不会把文稿作者的信息或者作者所属机构的信息提供给评审者。为了降低作者识别出消极评审来源的缺点，被称作双盲评审的程序通常会受到青睐。这不仅是要向评审者隐去文稿作者的信息，还要向作者隐去评审者的信息（也就是说，避免作者和评审者知道彼此的名字或者机构）。
根据马克·威尔（Mark Ware）的调查显示，双盲评审通常被看作是最有效的评审体系。然而，双盲评审也许无法克服通过评审者偏好那些证实自己立场的想法而体现出来的思想意识偏见。另外一种忧虑就是匿名评审者也许对自己的评论不负责任，并且有可能会纵情于肆意的批评。对于公开审稿和盲审来说，评审者的选择也是另外一个备受批评的焦点。
令人担忧的是，即使双盲评审也有可能被一小撮群体所控制，而这个群体在性别、年龄、地域或学术机构方面也许不能完全代表他们正在评审的作者的同行群体。同行评议的替代性方法最近以来，电子出版技术为开发替代性的评审方法提供了机遇。根据威尔的看法，公众的同行评议让所有的读者都可以对一篇文章进行审查和评议，而不仅仅是由编辑遴选出来的评审者。
有些在线开放获取期刊，比如《公共科学图书馆》（PloSONE），用传统的预审同行评议方式来发表文章，而其他期刊，比如Philica，则为读者提供了就文章进行合作、评论或者批评的工具，它没有预审同行评议。在诸如物理学和天文学这样的领域中，有些人认为不利用传统同行评议方法的在线成果，比如预印本文献库（arXiv），在重要性方面将会超过同行评议的出版物。
