元朝时期，元朝和察合台的关系非常差，双方打了几十年。元末起义时，察合台汗国完全不把元朝当作自己的蒙古同胞兄弟。看到起义军造反，它也乘机出兵打元朝。后来徐达和常遇春北伐大都，元顺帝出逃，元朝就此灭亡。元朝灭亡后，明朝一时还没有接管元朝的所有领土。乘这个机会，察合台汗国变本加厉的攻打哈密，企图并吞哈密。
看到察合台汗国如此丧心病狂，原本管理西域哈密地区的元朝肃王兀纳失里便投降了明朝，表示愿意为明朝镇守西大门，抵御察合台汗国的侵蚀。明朝接受了哈密的归附请求，封兀纳失里为忠顺王，直接在哈密设立哈密卫。从此后，兀纳失里的后裔均被明朝封为忠顺王或者忠义王，并由明朝派来的汉人充当长史辅佐外加监视。这个半独立的附庸政权被称为哈密国，如果连同明朝在附近设立的其它六个卫所，这个地区也被称为关西七卫。
关西七卫与明朝以嘉峪关为界，明军基本上不会越过嘉峪关。在明朝早期，如果关西七卫遭到其它蒙古部落的攻打，明朝会派兵支援，到了中后期，明朝国势衰落，也就不怎么管这七个附庸国的死活了。再说统治大部分新疆的察合台汗国。这个政权在元朝末年也分裂了。汗国的西部，也就是中亚地区，被巴鲁剌思部、速勒都思部和札剌亦儿部，等突厥化的蒙古部落掌控，被称为西察合台汗国。
新疆部分则被称为东察合台，两部形成对立。元朝灭亡时，东察合台汗国乘机占了元朝在西域的军事重镇别失八里城，并以此为国都之一。所以在明朝初期，东察合台汗国被明朝称为别失八里。注意了，是东察合台被称为别失八里，与西察合台无关。备注：别失是地名，八里是突厥语，翻译成汉语就是城的意思。所以别失八里的意思就是别失城。
那么西察合台汗国在干嘛呢？很惨，被帖木儿所征服，沦为了帖木儿帝国的一部分。这个帖木儿就是后来东征西讨，牛逼哄哄，号称要攻打大明的妄人。只不过他还没有出征就在中亚挂了。在帖木儿时期，东察合台汗国也臣服于臣服他。也就是说，在明朝成祖时期，西域基本上是帖木儿的势力范围。帖木儿死后，他的帝国迅速分裂，继承领土最多的沙哈鲁也没有争霸世界的雄心，开始入贡明朝。
东察合台汗国在摆脱了帖木儿帝国的附庸地位后，也开始恢复入贡明朝。后来迁都亦力把里（现在的伊犁），因此又被明朝换了称呼，从别失八里改成了亦力把里。其实就是原来的东察合台汗国。备注：亦力是伊犁的谐音，把里也是八里的谐音。所以亦力把里的意思是伊犁城。东察合台汗国此后开始养精蓄锐，在西域大力推行伊斯兰教，现在新疆的伊斯兰化，就是当时形成的。
