在恢复了一些实力后，东察合台汗国开始摩拳擦掌，向瓦剌部和帖木儿的后裔先后用兵，占了不少领土。在实力大增之后，东察合台汗国准备开始武力征讨关西七卫。但是伊犁离哈密太远了，为了吞并哈密，东察合台的大汗阿黑麻将首都从伊犁迁到了吐鲁番。所以明朝的史书上又把东察合台汗国的名字给改了，改叫土鲁番汗国。哈密国在抵挡一阵后，向明朝求援。
当时的明朝皇帝是嘉靖，这皇上整天忙于炼丹，对哈密这个附属国懒得搭理。最后哈密王开城投降向吐鲁番投降，嘉峪关以西的所有羁縻卫所全部被吐鲁番汗国吞并。吐鲁番汗国的势力达到了最巅峰。但是常言道，巅峰过后必是低谷。吐鲁番大汗有个弟弟叫赛依德，他因为跟他的大汗哥哥有仇，然后就向西逃到了帖木儿后裔，也就是他表哥巴布尔那里避难。
可是没想的是，他刚逃到表哥那里，结果巴布尔统治的国家也朝不保夕了。当时在中亚兴起了一个叫布哈拉的突厥王朝，这个布哈拉汗国四处扩张，打的周边汗国哭爹喊娘。巴布尔就是哭爹喊娘的其中一份子。备注：布哈拉人就是现在的乌兹别克人在布哈拉汗国的大军压境之下，巴布尔抵挡不住，便跟赛依德说，干脆我们兵分两路跑路算了，我率一路南下，去印度找出路，你率一路向东，去找你哥，诚心诚意的多磕几个头，让他宽恕你。
塞依德的内心瞬间有十万匹草泥马奔腾，但是没办法，实在是打不过人家。最后这俩表兄弟就在极其悲壮的情况下分头找出路去了。巴布尔南下之后，发现印度阿三真的是一帮垃圾，轻轻松松吊打，于是他也不客气，指挥他的几千残兵败将，直接就把印度当地的土著政权给灭了，建立了印度历史上的莫卧儿王朝。赛依德向东出发，一开始是抱着乞求他亲哥饶他一命的心态。
结果没想到，塞依德刚刚进入吐鲁番汗国的境内，吐鲁番汗国的喀什地区就叛乱了。于是赛德对着巴依尔送他的几千残兵败将讲，你们都已经是丧家之犬了，难道还怕死么？跟我来，眼前就有一座喀什城，里面有大把的美酒美食和美女，只要你们听我的，拿下喀什，城里面的宝物就都是你们的，因为我是吐鲁番前任大汗的儿子，这座城我是有权继承的！于是在赛依德的刺激下，他带的几千哀兵很快就占领了喀什，并以喀什为基地不断向亲哥进攻。
屡战屡胜，最后居然还建立了叶尔羌汗国。与他哥哥的吐鲁番汗国分据新疆的东西两部，新疆也进入了叶尔羌和吐鲁番对峙时期。差不多到了嘉靖中期，塞依德乘吐鲁番与瓦剌开战之机，率兵突袭吐鲁番，结果居然一举灭了吐鲁番汗国。于是新疆进入了叶尔羌汗国独霸时期。但是叶尔羌汗国的实力很弱，它名义上统治新疆，实际上很多地方都管不到。
