4、酸化可导致：土壤有益微生物种群变化，细菌个体生长变小，生长繁殖速度降低。分解有机质及其蛋白质的主要微生物类群芽孢杆菌，放线菌、甲烷极毛杆菌和有关真菌数量降低，影响营养元素的良性循环，造成农业减产。特别是酸雨可降低土壤中氨化细菌和固氮细菌的数量，使土壤微生物的氨化作用和硝化作用能力下降，对农作物大为不利。
滋生众多病害。土壤酸化会影响土壤微生物的活动，使土壤有益微生物数量减少，生长和活动受到抑制，从而影响土壤有机质的分解和土壤中C、N、P、S的循环。而土壤酸化滋生有害真菌，根际病害增加，且控制困难。耕地酸化导致甘蓝、白菜等十字花科的根肿病，芹菜、白菜的根腐病，茄果类蔬菜的青枯病、黄萎病，莴苣因缺钙出现“金镶边”等生理病害偏重发生。
近几年，玉米“打桩”、纹枯病加重，水稻迟发、僵苗等都与耕地酸化密切相关。5、现铝锰铁离子的毒害。在强酸性土壤中能出现铝、锰的胁迫与毒害。在pH﹤5.5的强酸性土壤中，交换性铝可占阳离子交换量的90%以上，容易产生游离Al3 ，当游离Al3 的量达到0.2厘摩尔/公斤时，可使作物受害，大田作物的幼苗特别敏感，形成短粗根系，抑制养分的吸收。
施用石灰使土壤的pH升至5.5～6.3时，大部分Al3 会沉淀，毒害消除。土壤酸化后，土壤中含铝的原生和次生矿物风化加速而释放大量铝离子，形成植物可吸收形态的铝化合物。植物过量的吸收铝，不仅会降低作物产品品质，还会对植物体特别是植物根系生长产生极大影响，甚至导致植物中毒死亡。在强酸性的水田里，铝、铁、锰都危害水稻的生长，使水稻产生黑根、锈根。
土壤酸化还会引起土壤中有毒重金属元素的活化，不仅影响作物生长，还会通过食物链危害人体或动物体的健康。四、土壤酸性的形成土壤酸化过程始于土壤溶液中活性H ，土壤溶液中H 和土壤胶体上被吸附的盐基离子交换，盐基离子进入溶液，然后遭雨水的淋失，使土壤胶体上交换性H 不断增加，并随之出现交换性铝，形成酸性土壤。
（一）土壤中H 主要来源在多雨的自然条件下，降水量大大超过蒸发量，土壤及其母质的淋溶作用非常强烈，土壤溶液中的盐基离子易随渗滤水向下移动，使土壤中易溶性成分减少。这时土壤溶液中H 取代土壤吸收性复合体上的金属离子，被土壤所吸附，使土壤盐基饱和度下降、氢饱和度增加，引起土壤酸化。在交换过程中土壤溶液中H 可以由下述途径补给。
1、水解离出H 虽然水的解离度很小，但是，由于土壤胶体能吸附从水中解离出来的H ，促进了水分子的不断解离。H2O H OH-2、碳酸解离出H 土壤中的碳酸主要由CO2溶解于水生成，CO2则是由根系和微生物的呼吸以及有机质的分解产生的，所以，土壤活性酸在植物根际要强一些。H2CO3 H HCO3-3、有机酸解离出H 在通气性不良时，土壤中各种有机物分解的中间产物都能形成多种低分子有机酸，例如，草酸、柠檬酸等都能解离出H 。
