语言、服饰、生活习俗和历史进程等诸多方面与中原地区有着很大的差别，这些差别和差异导致了没矛盾和冲突。不同族群建立了相对独立的地方政权与中央政府讨价还价成为普遍历史现象。但是，他们与中央的关系无法断绝和割舍的，一是历史以来经济文化上的依赖，二世政治军事上的保护与支持，三是各族都有一统天下的雄心壮志，这些都导致了诸族对中央王朝缺乏政治认同和文化认同。
土司制度，恰好就对于这种认同关系的的构建产生了重要的历史影响。土司制度在边疆族群与主流文化的文化认同关系上，是用过历史的几点上升到统一政权下中央与地方的依赖关系。在不同地区与不同族群当中，土司们借助中央政府的文化推广政策，学习、借鉴和改造自己的民族文化，进而发展成为地域色彩浓郁的地方文化，并不断的推广、辐射和延伸。
诸如人们早已认同的广东、广西、湘西、贵州和云南等地的地方文化，没有人质疑他们的中华文化性，更没有人能否定他们的地方性和民族性。以云南为例，土司制度建立后，云南的变化是划时代的。明代以前，云南是以彝、白、傣等民族为主的“边夷”地区，从秦汉以来进入云南地区的汉人，都已入乡随俗，被“夷化”了。土司制度建立以后，广兴学社，各族子弟有机会“举宠学官，教养笛子，使知礼仪，以美为俗。
”加上明代大量的内地汉民迁入，云南逐渐成为了中国传统文化与地方民族文化成功兼容并有强烈地域色彩的“云南文化”。同时，土司制度的政治认同价值是以往任何时代的边疆政策无法企及的。它和以往的边疆政策区别在于它是政府行为的规划性认同建构，是中央和地方都可以接受的政治模式，这个制度产生了两者互补的结果。土司制度给了边疆各个族群以合法的国家地方行政实体地位，他们成为国家行政单位的一部分，任命、升迁、继承和责罚有了严格的制度程序，同时又具有相当的自治权，这一点很重要。
它使不同族权保持了各自的文化和传统，文化认同与政治认同有了良性的互动，逐步衍生了对“国家”概念的初步认识，必须相应担负应尽的国家责任和义务。比如，明朝正统年间，云南麓川叛乱，各地土司响应平叛；嘉靖年间，广西狼兵、湖广土兵在东南沿海抗倭战争中奉命出征，战功卓著。再如 光绪二十六年（1900），云南西部边疆片马景颇族土司左孝臣率众抗击英国入侵，英勇牺牲，使片马终没有丢失。
在实行土司制度的地区，为何清廷会逐渐改变对土司的优惠政策？
感谢悟空之邀！对于西南少数民族地区，历史上任何一个朝代都无法将其完全纳入到大一统的管理中去。因为西南本身地处偏远，民族族群繁杂，彼此间信仰不同，生活习俗不同，管理起来困难。即便朝廷以武力取得了西南少数民族地区的统治权，激烈的矛盾从来就没有停止过，这些地区经常会发生叛乱，严重扰乱了临近地区的生产和生活。
