眼看明教势力坐大，害怕地位受到威胁的昆仑派与明教不断产生摩擦，掌门灵宝道长为了确保自己在西域武林的名望挑战阳顶天，败在阳顶天手下之后，因他气量狭小，气愤而死。他的两个弟子游龙子和白鹿子跟他师傅一个模样，为了报仇，却先后死在杨逍手上。接连三任掌门死在明教之手，昆仑派有感势单力薄，转而加大与中原武林的联系，挑搬弄明教是非。
在昆仑派的挑拨之下，再加上明教教徒在中原历来诡秘行事，以匡扶武林，维护秩序为己任的峨嵋派与少林先后与明教成功结怨。峨嵋派：峨嵋派的孤鸿子（灭绝师太的师兄）为了替昆仑派出头，指名约战杨逍，但倚天剑还没出鞘，就被杨逍用计击败，倚天剑也被杨逍所夺，杨逍更是留下了一句“倚天剑好大的名气！可在我眼中，却不过是一堆破铜烂铁！”然后弃剑而去，孤鸿子受到如此大的侮辱，跟昆仑派三任掌门一样，也被气病而死。
和孤鸿子有婚约在身的灭绝师太就这样成功与明教结仇，后来她最看重的弟子纪晓芙竟爱上了她的大仇人杨逍，就让她对明教的仇恨更加升级，誓要灭绝明教。少林：孤鸿子死后，泰山北斗之一是少林派出渡厄、渡难、渡劫三渡组合匡扶正义，三渡组合上光明顶，得到直接对阵阳顶天的机会，估阳顶天有感少林威名不敢托大，亲自迎战，最终击败了三渡，其中渡厄还被阳顶天打瞎了一眼。
三渡逃回少林后，坐枯禅三十年，练成“金刚伏魔圈”，意欲报仇。后来，圆真（成昆）为了唆使少林带头成立“抗魔联盟”（反明教联盟），诈骗空见神僧化解他跟谢逊的恩怨，致使空见为了感化谢逊，死在他的“七伤拳”之下，不明所以的少林将谢逊罪过一并算到明教头上，两派仇恨升级，少林开始牵头建立“抗魔联盟”。崆峒和华山：崆峒派、华山派与明教的结仇很简单，崆峒派的《七伤拳谱》古抄本被谢逊所夺，将罪责归于明教。
华山派的掌门鲜于通始乱终弃，为了掌门之位，抛弃了蝶谷医仙胡青牛的妹妹胡青羊，胡青羊羞愤自尽，造成一尸两命的惨事。鲜于通害怕胡青牛和明教的报复，害死自己师兄白垣嫁祸明教，华山派参加围剿明教多半就是因为这笔“血债”。武当：武当在这六派中与明教的瓜葛其实有别于其他五派，虽然俞岱岩和张翠山先后卷入“屠龙刀风波”，导致一残一死，但张三丰知道这实际上不是明教之过，求同存异，容纳百川的张三丰一直希望能与明教和衷共济，消除隔阂。
不过，作为武林泰山北斗，在武林各大派皆言受明教所害的情况下，光明顶之行纯属为了维护正义，在光明顶，武当五侠的作为是有异于其他五派的。就这样，六大派为了师出有名，以明教历来的“魔教”之称，竖起“斩妖除魔”的大旗，把自己标榜为正道的化身，誓将“魔教”连根拔起。明教的“魔教”之名，在武林中再次得到确立。为了各自利益，罔顾明教抗元事实，这在当时的武林中其实并不少见，像曾经的第一大帮丐帮，为了保住江湖地位，就无视救国大业，表示决不能让明教成事，还暗中捣乱，甚至意图胁迫明教中的义军将领，就更不要谈与明教有深仇大恨的那些门派了。
《倚天屠龙记》中灭绝师太武功怎么样？
在《倚天屠龙记》原著中，灭绝师太那肯定是高手，高高手。但是改编的电视剧，却因为她是一个准反派，所以弱化了她的武功。你想想，她是堂堂峨眉派的掌门人，又手持仅次于屠龙刀的“倚天剑”，再加上她那“斩妖除魔”的“嫉恶如仇”的张扬作风，居然能够在江湖上横着走，谁都要让她三分，你就可以知道她的厉害了。但是有些人会认为灭绝师太就是因为有了“倚天剑”，再加上“峨眉掌门”的身份，才没有人敢惹她。
但是这一点我不敢苟同。俗话说：是驴子是马，都要牵出来溜溜。那么我们就来分析一下灭绝师太的武功吧。其一：掌法由于灭绝的武功是源自峨眉派的，而峨眉的开山祖师又是郭襄。由于郭襄的父亲郭靖的武功太猛，并不适合郭襄，所以郭襄的武功应该主要是来自于黄蓉桃花岛一派的武功，再加上她那领悟了一些的“九阳真经”。灭绝师太的掌法与张无忌曾经对弈过。
灭绝对于自己的“飘雪穿云”掌法还是非常自信的，她在和张无忌对掌之下，就曾经把张无忌打得向后连摔两个跟头，口吐鲜血，瘫在地上，像一堆烂泥。其二：身法也是在于张无忌对弈时，张无忌不敢硬接灭绝的掌法，于是想侧身避开她。可是不料灭绝师太右臂斜弯急转，手掌竟然从绝不可能的角度横打过来，又是一掌，正中张无忌的背心。
