正白旗——多铎；镶白旗——阿济格，多尔衮；两白旗与皇太极暗中较劲多尔衮时期的八旗变动皇太极死后，多尔衮掌权。他和皇太极是一丘之貉，掌权之后也是大肆吞并其它旗。具体的调整有两次。第一次调整——两白旗混编。大清崇德八年（公元1643年）八月，皇太极突然去世。他去世之后两个月。多尔衮仗着自己有权有势，趁机没收了亲弟弟多铎在正白旗的15个佐领。
多尔衮手上本身就有15个佐领，没收多铎的15个佐领后，多尔衮就具有了30个佐领，即一个整旗的实力。之后多尔衮的将自己所领镶白旗的与多铎的正白旗进行对调，自己成为正白旗旗主，而原属正白旗的多铎，则换色为镶白。本身就在原镶白旗的阿济格并没有参与此次换旗。多铎换到镶白旗后，他是旗主，阿济格变成了镶白旗的小旗主。
第二次调整——两白旗与正蓝旗混编。争储事件后，多尔衮和豪格结了梁子。为了搞死豪格，多尔衮下了大力气。大清顺治五年二月（公元1648年），多尔衮将豪格打下大狱，没收了他的正蓝旗。（还抢了豪格的小老婆）豪格的正蓝旗被没收后，多尔衮没有上交给顺治皇帝，而是被他以“俟归政，然后隶于上”的名义私吞了。顺治六年（公元1649年），镶白旗旗主多铎病逝。
多尔衮便将两白旗和正蓝旗一起混编。原本属于豪格的正蓝旗佐领和原本属于多铎、阿济格的镶白旗佐领对调。对调之后，新的镶白旗没有旗主，多尔衮当仁不让的自领镶白旗旗主，加上正白旗，他就成为了两白旗的旗主。而新的正蓝旗则由原镶白旗的阿济格、多铎的次子多尼、阿巴泰第三子博洛、阿巴泰第四子岳东四人共同管理。这四个人中，多尼名下的佐领数量最多，所以他是旗主，另外三人是小旗主。
另外，正红旗旗主代善于同年病死。他的儿子镶红旗旗主硕托在三年前被处死（岳托死后硕托继任）。因此两红旗的旗主也都换了人。正红旗旗主为满达海（代善儿子）、镶红旗旗主为罗科铎（岳托孙子）。这一系列震动之后，八旗旗主如下：两黄旗——顺治帝；两白旗——多尔衮；正红旗——满达海，勒克德浑（小旗主）；镶红旗——罗科铎，尼堪、硕塞（小旗主）；正蓝旗——多尼，阿济格等人（小旗主）；镶蓝旗——济尔哈朗；八旗旗主的最终确定经过努尔哈赤、皇太极、多尔衮历经二十几年的调整，此时的八旗已经面目全非，跟最早的时候，完全不是一回事了。
比如正白旗旗主原本是褚英，结果褚英被努尔哈赤弄死，正白旗的人马交给了皇太极和褚英的儿子杜度继承。到了八旗建立时，杜度调任镶白旗，褚英当年的人马就变成了镶白旗。后来努尔哈赤为了给多尔衮挪位，把杜度挪到了镶红旗，褚英一系的人马又调到了镶红旗。这变来变去的，八旗早已经不是当年的八旗了。多尔衮死后，顺治皇帝秋后算账，又对八旗做了一次大的调动。
第一步，他先是把多尔衮的两白旗没收。正白旗整旗被顺治皇帝收走，同顺治亲自掌控的两黄旗一起变成了所谓的“上三旗”。第二步，将镶白旗，也就是原属于正蓝旗豪格的佐领，交给了给了自己的侄子，豪格的儿子富绶。第三步，顺治因怒迁恨，对多尔衮的亲哥哥阿济格下了死手。把他夺爵治罪，他所属的佐领分别拨入了正白、镶白、正蓝三旗。
自此也就有了上三旗和下五旗的说法。其中上三旗由皇帝直接统领，下五旗由豪格、济尔哈朗、代善、阿巴泰、多铎、褚英等人的后裔统领。具体来说，如下：正黄旗、镶黄旗、正白旗——皇帝统领；镶白旗——豪格后裔统领。豪格是努尔哈赤之孙，皇太极长子；正红旗——代善后裔统领。代善是努尔哈赤的次子；镶红旗——岳托、硕塞、褚英后裔统领。
其中岳托是代善的儿子，努尔哈赤之孙；硕塞是皇太极的儿子，努尔哈赤之孙；褚英是努尔哈赤的长子，代善和皇太极的大哥。正蓝旗——阿巴泰、多铎后裔统领。阿巴泰是努尔哈赤的第七子，皇太极的哥哥；多铎是努尔哈赤的嫡幼子，皇太极的弟弟。镶蓝旗——济尔哈朗后裔统领。济尔哈朗是舒尔哈齐的第六子，努尔哈赤的侄子，皇太极的堂弟。
康熙继位后，为了进一步的削弱诸王对下五旗的掌控。他大力推行了皇太极时期开创的都统制度，让都统取代旗主。因为都统是朝廷委派的流动官员，没有世袭权利。于是原本属于各旗旗主的旗权，在康熙时期就基本让都统给夺去了。（都统可以让非宗室的人担任，属于从一品）然后，康熙又将皇子分封到下五旗，去下五旗做小旗主，继续分化下五旗。
