”在张居正的一番解释下，万历皇帝终于同意实施变法，这让张居正欣喜不已。事情的发展也正如张居正所料，因为借用开国皇帝朱元璋在《大明会典》中的先例，作为《考成法》实施的依据，新法推出后几乎没有受到什么阻力。但是，早已懒散惯了的官员们却对新法大有怨言，只是大家碍于张居正的权势，敢怒而不敢言。可是新法实施后，官员们的积极性被调动了起来，这让朝廷的运作逐渐变得通畅，中央及地方的冗官被裁撤一空，朝堂上呈现出一派清明景象。
在《考成法》日益见效的同时，张居正又将目光投向了明朝的经济问题。自隆庆帝登基以来，国库连年亏空。张居正发现，问题的根结在于，大量的土地被地主偷偷吞并，为了逃避赋税，这些地主与贪官勾结，瞒报手中的土地，导致税收锐减。为此，张居正强烈推行清丈田亩，对全国的土地进行了一次全面的核查，一旦上报的土地数量与事实不符，土地将被朝廷没收。
而张居正的这一改革措施，严重触动了官僚地主的核心利益，各地的官员纷纷坐不住了，开始将矛头指向了张居正。弹劾的声音如狂浪般袭来，起初，张居正并不在意，直到一封来自辽东的弹劾奏章，让张居正心生失望。这封弹劾奏章出自辽东巡抚刘台之手，他是张居正的学生，明朝开国两百年来，学生弹劾老师，这是第一遭，张居正自觉无颜面对百官，于是决定向万历皇帝请辞。
万历皇帝接到了张居正的辞呈后，直言道：“先生，您能看着学生身处困境，大明朝身处困境而撒手不管吗？先生如此看重师生之情，可知朕也是您的学生啊！”万历皇帝百般挽留，言辞恳切，让张居正不由得心软。他明白，变法革新已经到了必须实行的地步，除了他，这事没人敢做，也没人敢接，于是，他只能收回辞呈。为了挽回张居正的颜面，万历皇帝下令，将刘台下入大狱，杖责一百后，发配充军。
此时的张居正虽然对刘台已无师生之情，但是念及往昔的情谊，还是向皇上求了情。最终，刘台被贬为庶民，永不录用。自刘台被罚后，朝廷上下无人再敢反对张居正，而张居正的首辅地位从此也无人可以撼动，张居正的变法也得以顺利地推行下去。不到一年时间，大明王朝亏空了数十年的国库终于有了盈余，这也意味着，张居正的变法让岌岌可危的大明开始恢复了元气，也许在不久的将来，又会迎来一个盛世。
但是，通往光明的道路上，总是会出现那么几块绊脚石，给人沉痛的一击。万历五年，张居正的父亲张文明突然去世，按照当时的制度，张居正必须辞去官职，回家为父亲丁忧守孝三年。此时是张居正实行变法的第五个年头，正是最关键的时候，如果此时离开，意味着变法可能会前功尽弃，但是，如果不走，那张居正就将面对难以想象的政治舆论压力。
思前想后，张居正还是决定回家守孝，于是，他再次向万历皇帝上交了辞呈。在接到张居正的辞呈申请后，万历皇帝也是左右为难，他还只是个15岁的少年，登基五年来，所有的政事都有赖于张居正的教导，如果张居正走了，他便无人可以依靠了。他想，朝廷不可一日无张居正，为了留下张居正，万历皇帝只能“夺情起复”，拒绝了张居正的辞职请求，可张居正再一次坚持上交辞呈，请求离去。
无奈之下，万历皇帝只能将张居正召入宫中面谈。面对万历皇帝的苦苦请求，张居正只能谨遵圣，继续留任。但是，万历皇帝的这次“夺情”举动，将张居正置于万劫不复之地，明王朝迎来了一场极为猛烈的弹劾风暴。在儒家思想的引导下，古代帝王都奉行“以孝治天下”，但是张居正这次被“夺情留任”，被抱守传统理念的士大夫阶层所不容，他们认为，张居正的所作所为有悖人伦，是道德上的极大污点。
而一个有道德污点的人，如何能成为百官之首，甚至有人认为，此次夺情留任，是张居正为了一己私欲，威胁皇帝下令的。一时间，满朝文武百官的弹劾奏章如雪片般飞入了太和殿。而此次，第一个上书弹劾的是翰林院编修吴中行，而他也正是张居正的学生。在弹劾了张居正之后，他特意带着弹劾奏章的副本，拜见了老师张居正。见到学生前来，张居正悲恸的心情稍微有了缓和，他以为吴中行是来宽慰他的，谁知，吴中行却将弹劾自己的奏章递给了张居正。
看过奏章的内容后，张居正嘲讽地说道：“既然你已经将奏折递上去了，还带来给我看做什么？”吴中行回道：“正是因为递上去，我才敢带来给老师看。”吴中行此举，无疑是在向张居正宣战，这对于正在守孝的张居正来说，又是一记沉痛的打击，但是，此刻的张居正无意与他争执，只是挥挥手，让他离开了。吴中行之后，又有众多官员上书弹劾张居正。
