光绪三十一年(1905年)，淮安漕运总督部院因无漕粮可运而撤销，标志着淮安不再具有南北漕运的枢纽作用。然而，淮安曾经作为漕政中心、运河之都的历史地位却是不争的历史事实；其作为中央政权外放的历史事实，更是其他运河城市所不具有的特有现象。山东济宁历史文化悠久，是东夷文化、华夏文明、儒家文化、水浒文化、运河文化的重要发祥地之一。
历史上的济宁是“东鲁之大郡，水路之要冲”，在中国运河发展史上具有举足轻重的地位。当年运河全线科技含量最高、可与四川都江堰相媲美的南旺分水枢纽工程也建在济宁。清代康熙、乾隆南巡曾几度驻跸济宁。从文化的经济特征看，济宁运河文化首先是一种工商业文化。济宁是在运河功能转向物资交流的大背景下发展成为州治及水陆交通重镇的。
史载，当年在济宁定居的外地商人不下数万家，南方的纺织品、瓷器、竹木、茶叶等在此中转，北方的棉花、皮毛、大豆、干鲜果品在此聚集南下，当时的济宁“车马临四达之衢，商贾集五都之市”，年营业额高达白银亿两以上。中国大运河济宁段入选世界遗产名录。在运河沿线的城市中，但长期设置全线最高治运司运机构的地方只有济宁。
“济宁通则全河活，济宁塞则全河停”的特殊地理环境，是济宁成为中国运河之都的先决条件。山东段运河地处京杭大运河的中枢区段，济宁又地处运河与黄河交汇处。由于黄水频繁不断的泛滥侵扰，致使泥沙淤运，加上鲁西水源不足，常常造成运河河道浅涩不通或有河无水。解决上述两大难题的是元代郭守敬、马之贞“四水济运，南北分流”和明代宋礼、白英“引汶济运，南旺分水”的构想。
河道总督衙门坐落在济宁州衙东，占地5公顷，建筑面积达1.6万平方米，济宁市博物馆至今还保存着一门清代的铁炮，炮筒上赫然铸有“河道总督署造”。由于元明清三朝都把治运司运的最高行政机构和军事机构设在济宁，济宁又有“七十二衙门”之说。河道总督衙门，是国家中央部院级的朝廷直属机构，相当于现在国务院水利部。河道总督，也是正二品，甚至正一品的朝廷大员担任。
元明清三代驻派我们济宁的最高治运、司运机构称呼都不一样。在元代，成为都水监、行都水监，都在济宁开府设衙，是中央司运机构派驻济宁的开始。明代有总理河道、总督河道等，建成总河，驻节济宁，由朝廷钦命署理，为运河最高行政管理机构。到了清朝，设总河部院。据雍正《清会典》记载：“顺治初，近设河道总督一人，又称总河，综理黄河、运河两河事务，驻济宁州。
