”运河全线科技含量最高的“心脏工程”是南旺分水枢纽。史载，南旺分水枢纽工程建成之前的元代，漕粮北运仍以海运为主，经由运河的年漕运量仅30万担左右;南旺分水枢纽工程建成后，明清两朝年漕运量平均达400万担，最高年份达到800万担。可满足京城100多万人口的全部需求。这两个城市在作为运河之都的历史上都有总督衙门。
那就是明清两代直属中央的京杭大运河地方管理机构——漕运总督衙门和河道总督衙门。 漕运总督和河道总督均于明代开始设置，有明一代称它们为总督漕运和总督(理)河道，后世又分别称其为总漕和总河，其中漕运总督设置较早。景泰二年(1451年)，因漕运不继，明政府任命副都御使王竑总督漕运，驻扎淮安，标志着明廷设置漕运总督一职的开始。
当时全称为“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”，其主要职能除督促涉漕各省经运河输送粮食至京师外，还有巡抚地方并兼管河道维护治理职能。成化七年(1471年)十月，鉴于河道淤塞，漕运时有受阻，需有专员统筹河务，朝廷便命刑部左侍郎王恕总理河道，驻扎山东济宁，专门主持运河与黄河的治理维护，这是明代中央设置治河专官的开始，也是京杭运河事务管理中漕运、河道分开署理的标志。
由于涉及运河的分段治理，清代河道总督的设职情况要比漕运总督复杂得多。顺治元年只设河道总督一人，掌管黄河、京杭大运河及永定河堤防、疏浚等事，治所在山东济宁。随着江南河工兴举日多、修守事务渐趋繁巨,康熙十六年(1677年)，河道总督衙门不得不由济宁迁至江苏清江浦(淮安市)。这样一来，河南武陟、中牟一带堤工若有险情，驻扎淮安的河道总督往往鞭长莫及，清廷便于雍正二年(1724年)设立副总河一职，驻河南武陟，负责河南河务。
雍正七年(1729年)改总河为总督江南河道提督军务(简称江南河道总督或南河总督)，副总河为总督河南、山东河道提督军务(简称河东河道总督或东河总督)，分别管理南北两大河段河道事务。遇有两处共涉之事，两位河督协商处置。雍正八年(1730年)，清廷又设直隶河道水利总督，管辖海河水系各河及运河防治事务。至此，清代河道总督一分为三，而就河工任务及对漕运的影响来看，三总河中地位最关紧要的是南河总督。
乾隆十四年(1749年)，直隶河务渐趋正轨，北河总督一职遂被裁撤，其职能由直隶总督兼任。“两督事虽异，一漕事本同。”乾隆帝这一诗句表明，漕运总督与河道总督虽事有专责，但共同目标都是为了保障漕运畅通，因此，双方必须做到分工不分家。但是，漕运总督与河道总督毕竟是两个独立的行政系统，双方具体任务有别，所关注的重点各异，而且面对的是同一条运河，在很多地方很多事务中往往会遇到权利重叠，产生利益冲突。
随着黄河于咸丰五年(1855年)北移至山东境内夺大清河入海，京杭运河航道受阻，内河漕运意义不大，漕运总督和河道总督也失去了存在的意义。江南河道总督在黄河改道后第三年(1858年)即被裁撤，东河总督和漕运总督也分别于光绪二十八年(1902年)和光绪三十一年(1905年)被裁撤。回顾历史，运河之都城市之争与漕运总督衙门和河道总督衙门之争有惊人的相似。
