肠道微生物确实可以控制我们的饮食行为和食欲。实际上，在人类食欲调节和控制中，肠道微生物组在某些方面可能比大脑更重要。当我们摄入不健康的饮食和/或接触其它一些可能导致肠道菌群紊乱的因素（比如，抗生素使用、接触病原体、心理压力、久坐不动、睡眠不充足等等）时，肠道中的有害微生物会大量繁殖，它们所产生的一些有害物质可能通过肠脑轴转运到大脑，从而刺激大脑对高脂高糖等不健康饮食的渴望，形成一种微生物调节的食欲紊乱的恶性循环。
相反，健康的饮食以及其它有助于肠道菌群平衡的因素（比如，接触有益微生物、运动、高质量的睡眠、多多接触大自然等等），可以促进肠道中友好细菌的生长繁殖，它们所产生的物质会对大脑形成一种友好的刺激，更好的控制我们的食欲，让我们对健康的食物充满渴望，而形成一种微生物调节的食欲控制的良性循环。因此，我们的口味偏好和食欲是可塑的。
一个 “迷恋上”某些不健康的食物的人并不会一辈子都渴望这些食物。如果改变他的饮食，他的大脑中的奖赏中心和食欲中心将受到影响，使他的口味偏好和饮食行为发生变化。这些影响部分就是通过肠道菌群来调节的。相反，一个饮食几乎完全健康和吃健康食品的人，如果将饮食改为不太健康的食物和/或以其它方式破坏生活在肠道中的友好细菌，最终也会对各种炎症性食物产生胃口。
这可能导致他体重增加、生病和抑郁。很显然，肠道菌群紊乱并不是在这里发挥作用的唯一因素；然而，它可能是最重要的一个。垃圾食品连同其它破坏肠道菌群的事件，已经改变了我们的食欲和饮食行为现在，我们中的很多人都处于一种不健康饮食导致的恶性循环之中。在现代生活中，各种高加工的食品几乎无处不在，我们已经很难找到一款完全没有任何添加剂和防腐剂的食物，有时候仔细留意一下食物配方，甚至会发现食物中所含有的添加剂种类比食物原材料的种类还要多。
相比之下，我们的原始祖先以及那些现在仍然过着传统生活的原始部落，他们吃的都是营养丰富的天然食物；此外，他们也没有通过服用抗生素或其它药物来破坏肠道内的微生物群落。因此，不言而喻，他们与我们不同，处于一种健康饮食的良性循环之中。这些变化对人类社会的影响是极其深远的。肠道微生物与宿主食欲之间的联系也有助于解释为什么原始的狩猎采集人群比较健康，而许多现代工业化的人群却容易生病和代谢紊乱。
通过向我们的食物中加入大量的糖、盐和脂肪，我们的肠道微生物、口味偏好和饮食行为也在不知不觉中发生了改变，以至于很多人发现自己即使一天不吃那些高度加工的食品都很难。当然，许多经常吃加工食品的人可能一时半会不太愿意转变为一种更加健康的营养饮食方案，部分原因是因为他们认为这样做会剥夺他们的许多快乐并使他们的生活变得更加乏味。
