上海合作组织的前身是“上海五国”，也就是中国、俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦。为什么会有“上海五国”呢？因为在苏联解体后，苏联和中国的边界问题，就遗留给了中国和这四个接壤的前苏联国家。为了解决边境纠纷，五国进行了一系列谈判，最终于1996年和1997年分别签署了《关于在边境地区加强军事信任的协定》和《关于在边境地区相互裁减军事力量的协定》。
由此奠定了五国安全互信的基础。相互之间的安全互信建立后，便开始向两个方向发展，一个是应对共同威胁，另一个是促进共同发展。前者衍生为打击三股势力，后者衍生为促进区域经济合作。到2001年，上海五国终于升格为“上海合作组织”，合作领域也扩展为安全、人文、经济三个轮子，当然基础还是安全，经济和人文是尽力而为。
这里的安全主要是非传统安全。因此，上海合作组织是在解决传统边界安全问题的基础上成立的，但是成立之后所关注的就不是传统安全问题，而是非传统安全问题。可以说，上合组织是在冲突基本解决后、互信显著增强后，才成立的。解决冲突是成立的原因，而不是成立的目的。那么上合组织到底有没有能力调解或解决成员国冲突呢？答案是，上合组织宪章和上海精神存在的价值，不是解决冲突，而是避免冲突。
例如，上合组织宪章规定，成员国需要遵守如下原则：（1）相互尊重国家主权、独立、领土完整及国家边界不可破坏，互不侵犯，不干涉内政，在国际关系中不使用武力或以武力相威胁，不谋求在毗邻地区的单方面军事优势；（2）所有成员国一律平等，在相互理解及尊重每一个成员国意见的基础上寻求共识；（3）在利益一致的领域逐步采取联合行动；（4）和平解决成员国间分歧。
在上述原则中，第（1）、（2）、（3）都是致力于避免冲突，而不是解决冲突，（4）指出了解决冲突的途径，就是和平解决。但是所谓“和平解决”其实也是一种消极的办法，就是要求冲突各方不要打仗，至于冲突具体怎么解决，什么时候解决，上合组织就不干涉了。事实上，正是由于上合组织宪章中原则（1）的存在（各国高度珍视主权和领土完整），导致上合组织不可能深入介入成员国内政和成员国之间的冲突。
尤其需要注意的是，在中亚地区，除了上合组织，还有一个组织需要高度关注，就是集体安全条约组织。后者是一个纯军事组织，关注传统安全问题甚于三股势力。相比于集体安全组织对“硬安全”的高度专业和专注，上合组织更多是一个政治经济组织。而即使是集体安全组织这样的传统安全组织，也无法有效应对中亚国家内部的骚乱、相互之间的水资源和领土争端，更遑论上合组织呢？至于印巴加入后，上合组织能否帮助解决印巴之间的冲突?答案是，上合组织既无力为之，更无意为之。
