方光琛觉得吴三桂反意已绝，就开始与其讨论朝廷与三藩的力量对比。吴三桂听得很激动，立刻拜其为学士中书，专门为其出谋划策。既然决定反清，就要开始准备工作。吴三桂派亲信把守云南的交通要道与关隘，所有来往的人员只许进不许出，与外界严密隔绝。台面上，他假意配合朝廷撤藩工作，还派人安敷衍差大臣，但背地里一再拖延。
为了与部下形成统一意见，吴三桂特地设宴招待将领，并发表煽情的演说，大打感情牌。这些将领都是吴三桂的心腹，彼此的利益紧密相连，自然是愿听吴王差遣。笼络了部下，还需要民心，要对抗康熙，还需要借口。所以，吴三桂举起了明朝的旗帜，企图激起汉人对故国的思念之情，从而加入到他的阵营。起兵的那天，吴三桂与将领全部换上明朝服饰，齐聚永历陵墓前痛哭，陈述当年是出于无奈而降清，而朝廷却背信弃义，才会有现在的局面。
随后，吴三桂在郊外检阅士兵，誓师反清。他披甲上马，连发三箭，皆中靶心，显示自己宝刀不老。接着又拿朱国治祭旗，将朝廷派来的两位钦差大臣一并软禁。一切准备好后，吴三桂自封“天下都讨兵马大元帅”，还发布一道讨清檄文，号召天下英雄反清。秋媚说：吴三桂反清，一方面是想维护既有的荣华富贵，毕竟辛苦了一辈子，谁也不愿意风烛残年；另一方面也是被康熙给逼反的，康熙裁撤三藩的力度过大，节奏过快，下手过狠，让吴三桂感觉从温水突然跳入了开水，不得不“跳”起来反清。
吴三桂是不是英雄？
几乎不用问，吴三桂绝不是英雄，不管对哪个民族来讲他都算不上英雄，充其量只能算枭雄。1:何为英雄？才华超群，品德高尚，功勋卓著者当之。所谓“品德高尚”自然所做的事就是合乎道德，对百姓对国家有益的事。2:吴三桂能征善战，军事才能的确了得，其投靠清朝前也为明朝立下了不少的汗马功劳。然而其投靠清朝的行为却是变节的行为，因为崇祯虽死明朝还占着大半天下，况且当时南明朝廷已立，明朝依然在延续。
吴三桂不杀永历帝，明朝还能存活多少年？
吴三桂不杀永历帝，明朝也早已呜呼哀哉了。狭义上的明朝灭亡，要从崇祯在煤山上吊算起，也就是说1644年三月十九日，李自成进入北京后，明朝作为一个政权，已经被推翻了，此后，因为吴三桂引清兵入关，中原大地发生巨变，明朝南直隶陪都衮衮诸公在一片争议中，拥戴神宗的孙子，福王登基，是为弘光帝。南明，也就从此刻开始算起。
一年后，清军南下，一路势如破竹，扬州，南京相继陷落，弘光帝被俘，弘光政权灭亡。闰六月，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，在福州称帝，改元隆武。隆武帝在大臣黄道周的主持下发动了短暂的北伐，同时还采取联寇抗清政策。由于消息隔绝，朱聿键监国后四十天，反抗剃发令的浙江民众，拥立另一个宗室，鲁王朱以海在绍兴监国。
此时的，南明第一次出现两个政权并存的局面。1646年六月，鲁王兵败，在张煌言保护下逃亡海上。此后，清军进攻福建，郑芝龙秘密降清，献出天险仙霞关，局势急剧恶化，八月，隆武帝匆忙出逃被俘杀。此十月初十，桂王朱由榔监国于广东肇庆，十月二十日清军陷南赣，朱由榔逃往梧州。这种行为无异于放弃广东，导致永历朝廷在广东人心尽失。
十一月初五，隆武帝之弟唐王朱聿鐭援引“兄终弟及”自立于广州，改元绍武。十一月十八日朱由榔称帝，以次年为永历元年。南明，第二次出现两个政权并立。愚蠢短视如此，焉能不败。绍武，永历双方为争正统不仅不能团结，甚至大动干戈，自相残杀，清军趁虚而入杀进广州，绍武帝仅41天即被清军俘杀。当初南明弘光也正是因为调重兵防堵左良玉，导致江北大门敞开，如今再次上演同样一幕，朱元璋大概在地下要气的跳脚。
绍武帝被杀，永历帝再次拔腿逃跑，在清军进逼下逃入广西。几年以后，李定国拼了老命也没能夺回广东，单单一个肇庆就逼得他无语泪奔。此时，永历帝放弃的倒是轻松。如果不是李自成和张献忠余部的先后输血，永历帝大概很快就会步福王、唐王等人后尘，被俘虏到北京菜市口问斩。1647年，李自成余部郝摇旗护卫永历帝居柳州，并出击桂林。
年底，在全州击败清军，进入湖南。1648年，何腾蛟 、 瞿式耜几乎收复了湖南全境。1652年永历朝廷无处可逃的时候，接受孙可望和李定国联合抗清的建议，定都安龙府。不久，李定国东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得 桂林大捷，击毙定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡阳大捷，击毙敬谨亲王尼堪，所谓两厥名王，天下震动。
