因为福王之父福忠王朱常洵是明神宗第三子、明光宗排行最长（指长大成人）的弟弟，因此，福王朱由崧就是伦序最近、行辈最先的帝系大统继承人。之后，经过了一系列政治博弈、以及阳谋交通，福王和掌握南京实权的东林党人进行了激烈交锋，并做出了堪称其一生中最值得赞叹的选择——主动招揽了握有重兵的江北四镇武将，以及获取了文臣中不属于东林党的势力，最终得以于崇祯十七年（1644年）五月十五在南京正式即皇帝位，以明年为弘光元年，这就是南明历史的开端；朱由崧也即南明第一代皇帝——明安宗弘光帝。
弘光帝登基后，并没有表现出过人的才华和出众的治国能力，南明的国势也并没有得到稳固。弘光元年（1645年）四月，北方的清军在前一年击败了农民起义军、正式入关占据中原之后，又借着南明弘光政权的内讧，大举发兵南下，预备消灭南明，统一全国。清军南下还不到一个月，就连续攻破了徐州、归德、颍州、泗州等南明军事重地，于四月二十五攻破扬州，守城的南明督师大学士史可法被俘后，不屈被杀。
随后，清军不费吹灰之力渡过了长江，包围南京。五月初十，弘光帝在清军围城的关键时刻放弃了南京，只带着几十个随从、嫔妃逃奔芜湖。南明弘光元年、清顺治二年（1645年）五月二十二，弘光帝在芜湖被清军擒获，保护弘光帝的南明靖国公黄得功力战不敌，又不愿投降清军，于是而自刎而死。至此，在位不过一年的弘光帝失去了皇位。
当年九月，弘光帝被押至北京，安置在太仆寺内居住。南明弘光元年、清顺治二年（1645年）六月，此时弘光帝已经被俘、监国潞王朱常淓（弘光帝堂叔、明神宗侄子）也在杭州投降清军，南明朝廷一时间没有了最高统治者。在危急的局面下，部分坚持抵抗的南明大臣——巡抚都御史张肯堂、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙在浙江拥立大明宗室、前任唐王朱聿键就任监国。
当年闰六月，朱聿键在诸臣的拥戴下，抵达福州，并在当月二十七正式即皇帝位，改弘光元年为隆武元年，朱聿键就是南明第二代皇帝——明绍宗隆武帝。大明皇室大宗，自明成祖（太宗）朱棣开始，一直都是在成祖的后代中传承，虽然有几次“兄终弟及”（明英宗明代宗兄弟、明武宗明世宗堂兄弟、明熹宗明思宗兄弟），但并没有脱离“成祖后裔”这个范畴；即使是弘光帝，也是成祖的直系后裔、明神宗的皇孙、崇祯帝的堂兄。
弘光帝和身为明神宗侄子的潞王被清军俘获后，明神宗直系后裔中，还暂时得以保持人生安全的，就只有明神宗第七子桂王朱常瀛及其诸子（明神宗第五子瑞王朱常浩已经在崇祯十七年（1644年）六月被农民军击杀于重庆府，第六子惠王朱常润则步潞王后尘，在弘光元年（1645年）六月于绍兴向清军投降，后被押往京师软禁）。但桂王一家目前避居于广西梧州，距离江浙太远，要是迎桂王一系前来浙江、福建继位，一是时间太久，二来途中不保证不会发生意外。
因此，虽然是宗室远支，但人恰恰在浙江当地，且心性顽强、经历不凡、胸怀大志的前唐王朱聿键，就成了坚持抵抗的南明官员们的第一选择，以“事急从权”为由，不再引用《皇明祖训》中“伦序优先者当立”的原则，被拥立为帝，承袭了弘光帝所留下的大统。隆武帝是明太祖的九世孙、太祖第二十三子唐定王朱桱的八世孙，不要说和明神宗一系关系疏远，就是再往上追溯七代，他也不是明成祖的直系子孙。
因此，隆武帝是实实在在的宗室疏支，和崇祯帝之间的关系极远，已经出了五服、还要再隔三代。隆武帝的世系往上追溯，是：明太祖朱元璋——唐定王朱桱——唐宪王朱琼炟（承袭兄唐靖王朱琼烃）——唐庄王朱芝址——唐成王朱弥鍗——追封唐恭王朱弥钳——唐敬王朱宇温——唐顺王朱宙栐——唐端王朱硕熿——追封唐裕王朱器墭；朱器墭，就是隆武帝之父。
按这样的世系，和明成祖以下的帝系大宗对比，可以知道，隆武帝朱聿键和明神宗万历帝朱翊钧同辈，是明光宗的族叔、是明熹宗和崇祯帝的族叔祖。不过，他们之间的血缘关系已经非常淡薄，假如不是生在宗室的话，如同民间普通百姓的宗族范例，隆武帝朱聿键和崇祯帝朱由检之间，早就没有任何亲缘关系了。隆武帝朱聿键于万历三十年（1602年）出生于南阳唐王府，祖父是唐王朱硕熿、父亲是唐世子朱器墭。
