）南明隆武二年、清顺治三年（1646年）十一月初五，朱聿鐭按“兄终弟及”的祖训原则，自称继承隆武帝所遗下的皇位，抢在桂王之前，于广州提前登基称帝，以明年为绍武元年，这就是南明第三代皇帝——绍武帝。而得到绍武帝已经登基称帝的消息后，监国桂王朱由榔也在十一月十二从梧州返回肇庆，并于十一月十八也宣布登基称帝，改明年为永历元年。
朱由榔是南明第四代、也是最后一代皇帝——明昭宗永历帝。永历帝自认为自己是神宗皇帝唯在世的一孙子，世系伦序比“疏宗”的绍武帝要高得多，因此登基后便立即派出使者前往广州，通知绍武帝即刻退位归藩。绍武帝也自认为是隆武帝亲弟、继承的是隆武帝的皇统，又不是承袭明神宗一脉的皇位，自然也不肯就范归藩。于是，在清军大敌来临之际，南明两个对立的政权之间，又因为皇统的归属，而开始了新一轮的内讧。
十一月二十九，永历政权与绍武政权兵戎相见，在广东三水以西展开激战，绍武政权军队大破永历政权军队，几乎全歼了敌军。得到获胜消息后，绍武帝及绍武政权首辅苏观生等人喜不自禁，于是在广州全城张灯结彩、庆贺胜利，标榜自身政权的合法性和正统性。但在绍武、永历政权展开内讧、打得不亦乐乎之时，清军已经在佟养甲、李成栋等人的率领下，先后攻占了广州外围门户潮州、惠州，并用收降的当地官员印信伪造文书，递交广州绍武政权，以麻痹绍武君臣。
同时清军马不停蹄，已经悄悄杀到广州城外。南明隆武二年、清顺治三年十二月十五（1646年1月），佟养甲、李成栋率部抵达广州近郊，趁着城中不备，佟养甲先派三百人乔装打扮、混入广州城，然后在闹市中突然脱去外衣，露出内穿的清军服饰，大喊“清军已到！”随即四散击杀城中军民，城外的清军也趁机夺取了东门，杀入城中。
当时绍武帝和苏观生等大臣正在武学中视察，广州城中大部分武官也随扈一同视察，因此清军攻入广州后，城防明军无人主持反击，局势顿时大乱。另外绍武政权军队主力都在三水前线与永历政权作战中，也无法回师救援，在莫名其妙地状态下，广州失陷于清军。广州陷落之后，绍武政权首辅苏观生来不及逃脱，于是自缢殉国，绍武帝想趁乱逃出城外，但是被清军抓获，囚禁于广州府衙中。
佟养甲、李成栋没有侮辱杀害绍武帝，还送食物饮水给他，准备把他送往京师。绍武帝在这个时候倒是很有骨气，说：“我要是喝你们一勺水，有什么颜面到地下去见祖宗！”当晚，趁着守卫不备的间隙，绍武帝在房中用衣带自缢而死，为国殉节。从就任监国到被俘自尽，绍武帝在位四十四天。绍武帝殉国、绍武政权覆灭后，永历帝在名义上成为了南明残余势力的共主，三水前线的绍武军队也全部归顺永历政权。
但清军很快越过广州，向肇庆攻击而来，永历政权连绍武政权都打不过，怎么能抗击虎狼一般的清军。十二月二十六，得知清军已向肇庆攻来后，永历帝再次放弃肇庆，又一次逃往广西梧州府，后来又躲到桂林府。南明永历元年、清顺治四年（1646年）正月，永历帝从桂林逃往全州，后经靖州抵达湖广武冈府，暂时驻跸于此，改武冈府为奉天府，作为行在。
在武冈时，永历帝几乎被武冈守将刘承胤暗中出卖给清军，险些被擒，在亲信武将的护卫下，永历帝才得以逃脱、直奔柳州。危难之际，大顺农民军余部主动与永历政权取得了联系，归附南明，十二月，永历帝在大顺农民军的护卫下，从柳州返回了桂林。从南明永历二年、清顺治五年（1648年）开始，清朝内部因为争夺权力而导致内讧（和南明情况差不多），清江西提督金声桓、广东提督李成栋、广西巡抚耿献忠、大同总兵姜镶等前明降将纷后宣布“反正”，重归南明永历政权阵营。
