这样，直到1963年底，中国自行试制的第一架歼-6战斗机才真正交付部队使用。在人们普遍认为沈飞和歼-6步入正轨的时候，好景不长，飞机制造又出现了更大的失误，导致工厂要靠贷款过日子。1966年严重影响了歼-6的正常生产秩序，使生产陷入了无政府状态。飞机生产管理中不可或缺的总工程师领导下的“四师一长”管理层，以及下属生产技术管理科室被砍，取而代之的是一个生产指挥组。
不仅人的力量严重不足，该管的工作无人管，而且合理的规章制度被废除。当时谁想怎么干就怎么干，以“工人师傅意见”或“三结合讨论”为借口，随意更改设计图样，违反工艺纪律，不按工艺规范操作，随便改变生产工序，少装零件等都很普遍。更严重的是，取消了检验机构，将其看成是管、卡、压的活阎王，直接导致了质量无人把关。
有这样一个怪异的例子，当时沈飞装配完飞机之后，居然还插着螺丝刀、顶把、钻头，飞机就带着这些工具一起飞上天。珍宝岛事件后，全国整军备战。质量问题越发严重。沈飞按照样机状态投产200架歼-6III型战斗机，超额完成了目标，仅半年时间就投产了300架歼-6III型战斗机，结果却惨不忍睹。1970年，沈飞交付部队这300架战斗机中有299架都不合格。
这批歼-6III型战斗机的技术质量问题包括：飞机纵向稳定性差，后机身温度高，机尾罩烧坏，进气道掉铆钉，液压系统不可靠，襟翼滑轨变形等。最终，交付部队的歼-6III型战斗机基本上全盘停飞。到1972年，共有572架有质量问题的歼-6飞机积压在厂，飞机制造厂再次成为了“养鸡场”。1971年10月23日，三机部上报《关于当前积压在厂飞机质量情况报告》。
报告称：目前积压在工厂的歼-6飞机共946架，其中没有问题和虽有问题但已排除即可试飞交付部队使用的有664架，占总数的71%。飞机有质量问题需要排除故障后交付的共有282架，占总数的29%。歼-6战斗机再次出现严重的质量问题，关乎国防安全和战备，关乎外援，影响巨大，上级要求立即恢复检验制度，并对即将交付巴基斯坦等国的歼-6战斗机立刻进行试飞检查，并请外方也进行试飞，一旦发现质量问题立刻调换。
这样一查，发现在援外的40架歼-6中就发现了7架不能交付，严重影响国家声誉。要求工厂用2年时间把产品质量搞上去。抓歼6，促其他，抓航空工业，促国防工业。要求派人组成技术组去巴基斯坦、阿尔巴尼亚等国，检查援外的歼6，给予全面保障，避免出事。沈飞经过2年的整顿，产品质量终于明显提高了。截至1973年底，遗留的飞机除了3架报废外，其余全部修好，共出厂609架优质歼6和201架歼6改进型飞机。
